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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003362

染色体: Chr07 坐标: 36196091-36203329 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003362
名称SmilChr07G003362
描述uncharacterized protein At2g02148-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36196091 - 36203329 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996223
GeneID130996223
locus_tag-
NCBI NameLOC130996223
原始查询LOC130996223

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述PPR containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723082]; symbol=AT2G02148; hit=AT2G02148; species=arabidopsis; confidence=high
产物PPR containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723082]; symbol=AT2G02148; hit=AT2G02148; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G02148 (AT2G02148)
PPR containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723082]
identity=55.7; qcov=0.98; evalue=8.99e-138; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996223

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777719.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777719.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057777718.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057777717.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777719.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36197755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:36197962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C31
Chr7:36201700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,D11
Chr7:36201963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:36202687 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B19,B21,B48,B49,B61,C34,C69,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921734.1
GACAAACACATGTCCCACATATCTCGTGACCTACGGGTTAGGAAGGTCGGGAGGGTTTCAACGGCGCGAGGTTCGGACTGAGCTTCGGAAACCCCGGAACCTGCATTTGCAAACACACACTCAGAGAGAAGATTTCGTCTGGATAGCCGTTAAATTTTTCCCTCTTCGATTTCCCTCCTTTTTTCACTGATTTCTGTGGTTAGGGTTTTAAGCTGCTGCTACTGCTGCCGATGGGGAGCAGAGTTCCCGTGGAGCACTAC...
XM_057921736.1
GACAAACACATGTCCCACATATCTCGTGACCTACGGGTTAGGAAGGTCGGGAGGGTTTCAACGGCGCGAGGTTCGGACTGAGCTTCGGAAACCCCGGAACCTGCATTTGCAAACACACACTCAGAGAGAAGATTTCGTCTGGATAGCCGTTAAATTTTTCCCTCTTCGATTTCCCTCCTTTTTTCACTGATTTCTGTGGTTAGGGTTTTAAGCTGCTGCTACTGCTGCCGATGGGGAGCAGAGTTCCCGTGGAGCACTAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130996223
ATGGGGAGCAGAGTTCCCGTGGAGCACTACGATTTGTCATCCGCCGCAGCCGCCGCTAACTCCTACATCGGCACCTCATTGCACGACCGCAATTCCGGGGATGGAGTCGCCGACCCCGCCGCCGATGATGTCACCGACGATAACGATGACCGCTCCTCCGCTGTCGTCACTGACTGTATGCACGAGCCTTACCAAAGCTCTTTACCACTTCACAGCATGGTGGAGGACGAGAGGAGTAGTCTTGAAAATAATGGGTCTTC...
LOC130996223
ATGGAGTCGCCGACCCCGCCGCCGATGATGTCACCGACGATAACGATGACCGCTCCTCCGCTGTCGTCACTGTTAGACTGTATGCACGAGCCTTACCAAAGCTCTTTACCACTTCACAGCATGGTGGAGGACGAGAGGAGTAGTCTTGAAAATAATGGGTCTTCATGTGGTTCCTACTCAATTTTGACAATTGATGATGTGTCACCGATTGAAACAGCTAGGGCAAGGTTTATGGACATTGTCGTAAATCATTTTATTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777717.1
MGSRVPVEHYDLSSAAAAANSYIGTSLHDRNSGDGVADPAADDVTDDNDDRSSAVVTDCMHEPYQSSLPLHSMVEDERSSLENNGSSCGSYSILTIDDVSPIETARARFMDIVVNHFIDPHVIEMSDYDTDYMVQQSSQEILSKRKSKEIRYEGDARYALPLMYVANLYETLVNEVNMRLSSMSGIREKTIGVALEAAGGLYRKLAKKFPRKGSCTFKRRELATSFETRSKFPELVIQEEKRVRFVVVNGLAIVEKPTKI...
XP_057777718.1
MYGVKSVSVVLRYCCRGHANRDVDGDCMHEPYQSSLPLHSMVEDERSSLENNGSSCGSYSILTIDDVSPIETARARFMDIVVNHFIDPHVIEMSDYDTDYMVQQSSQEILSKRKSKEIRYEGDARYALPLMYVANLYETLVNEVNMRLSSMSGIREKTIGVALEAAGGLYRKLAKKFPRKGSCTFKRRELATSFETRSKFPELVIQEEKRVRFVVVNGLAIVEKPTKIGIDDAEWFKRLTGRNEVAVYARDYKFYAPRHK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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