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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003372

染色体: Chr07 坐标: 36397810-36405160 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003372
名称SmilChr07G003372
描述uncharacterized protein At2g02148-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36397810 - 36405160 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996232
GeneID130996232
locus_tag-
NCBI NameLOC130996232
原始查询LOC130996232

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述PPR containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723082]; symbol=AT2G02148; hit=AT2G02148; species=arabidopsis; confidence=high
产物PPR containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723082]; symbol=AT2G02148; hit=AT2G02148; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G02148 (AT2G02148)
PPR containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723082]
identity=55.7; qcov=0.98; evalue=8.61e-138; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777725.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777725.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057777724.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777725.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777725.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36398122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr7:36399617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,C53,C78
Chr7:36399689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr7:36403542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr7:36403832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr7:36404068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921741.1
ACAAACACATGTCCCACATCTCTCGTGACCTACCGGTTAGGAAGGTCGGGAGGGTTTCAACGGCGCGAGGTTCGGACTGAGCTTCGGAAACCCCGGAACCTGCATTTGCAGACACACACTCAGAGAGAAGATTTCGTCTGGATAGCCGTTAAATTTTTCCCTCTTCGATTTCCCTCCCTTTTTCACTGATTTCTGTGGTTAGGGTTTTAAGCTGCAGTGCTGCTACTGCTGCCGATGGGGAGCAGAGTTCCCGTGGAGCA...
XM_057921742.1
ACAAACACATGTCCCACATCTCTCGTGACCTACCGGTTAGGAAGGTCGGGAGGGTTTCAACGGCGCGAGGTTCGGACTGAGCTTCGGAAACCCCGGAACCTGCATTTGCAGACACACACTCAGAGAGAAGATTTCGTCTGGATAGCCGTTAAATTTTTCCCTCTTCGATTTCCCTCCCTTTTTCACTGATTTCTGTGGTTAGGGTTTTAAGCTGCAGTGCTGCTACTGCTGCCGATGGGGAGCAGAGTTCCCGTGGAGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996232
ATGGGGAGCAGAGTTCCCGTGGAGCACTACGATTTGTCATCCGCCGCAGCCGCCGCTAACTCCTACATCGGCACCTCATTGCACGACCCCAATTCCGGGGATGAAGTCGCCGACCCCGCCGCCGATGATGTCACCGACGATAACGATGACCGCTCCTCCGCTGTCGTCACTGACTGTATGCACGAGCCTTACCAAAGCTCTTTACCACTTCACAGCATGGTGGAGGACGAGAGGAGTAGTCTTGAAAATAATGGGTCTTC...
LOC130996232
ATGAAGTCGCCGACCCCGCCGCCGATGATGTCACCGACGATAACGATGACCGCTCCTCCGCTGTCGTCACTGTTAGACTGTATGCACGAGCCTTACCAAAGCTCTTTACCACTTCACAGCATGGTGGAGGACGAGAGGAGTAGTCTTGAAAATAATGGGTCTTCATGTGGTTCCTACTCAATTTTGACAATTGATGATGTGTCACCGATTGAAACAGCTAGGGCAAGGTTTATGGACATTGTCGTAAATCACTTTATTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777724.1
MGSRVPVEHYDLSSAAAAANSYIGTSLHDPNSGDEVADPAADDVTDDNDDRSSAVVTDCMHEPYQSSLPLHSMVEDERSSLENNGSSCGSYSILTIDDVSPIETARARFMDIVVNHFIDPHVIEMSDYDTDYMVQQSSQEILSKRKSKEIRYEGDARYALPLMYVANLYETLVNEVNMRLSSMSGIREKTIGVALEAAGGLYRKLAKKFPRKGSCTFKRRELATSFETRSKFPELVIQEEKRVRFVVVNGLAIVEKPTKI...
XP_057777725.1
MKSPTPPPMMSPTITMTAPPLSSLLDCMHEPYQSSLPLHSMVEDERSSLENNGSSCGSYSILTIDDVSPIETARARFMDIVVNHFIDPHVIEMSDYDTDYMVQQSSQEILSKRKSKEIRYEGDARYALPLMYVANLYETLVNEVNMRLSSMSGIREKTIGVALEAAGGLYRKLAKKFPRKGSCTFKRRELATSFETRSKFPELVIQEEKRVRFVVVNGLAIVEKPTKIGIDDAEWFKRLTGRNEVAVYARDYKFYAPRHK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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