Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003664

染色体: Chr07 坐标: 43825772-43831500 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003664
名称SmilChr07G003664
描述uncharacterized SmilChr07G003664
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向43825772 - 43831500 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996264
GeneID130996264
locus_tag-
NCBI NameLOC130996264
原始查询LOC130996264

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827519]; symbol=AT4G17940; hit=AT4G17940; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827519]; symbol=AT4G17940; hit=AT4G17940; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G17940 (AT4G17940)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827519]
identity=40.8; qcov=1.21; evalue=5.52e-45; confidence=medium
RiceOs10g0576600
-
identity=40.6; qcov=0.837; evalue=6.5e-35; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996264

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777755.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777754.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057777754.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057777755.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:43831273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B82
Chr7:43831310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr7:43831364 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B121
Chr7:43831364 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B121

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921771.1
CTCGCCTTTCCACTTTCTTGTGAACTCAAAAAGCAAACAATCTTGACTTCCTACACCACCAAAGCAAACCACATGAAGTCCATGCTTTTCCGAACCGGTTCCGGTCCCATCCCGGTCCAAGCCCCGCCAGCCTCCGCTTCACCGCGCCTCTCCGTCTCTGTGTCCCTGCATGCGGAGGCAAGCATCCGCCGCTCCGCTTCAGAATCGAACATCATCCGCTCGGAGATGCGGACGCTGAGCAGGCACCGCTCGCGCTCCTT...
XM_057921772.1
CGCCTTTCCACTTTCTTGTGAACTCAAAAAGCAAACAATCTTGACTTCCTACACCACCAAAGCAAACCACATGAAGTCCATGCTTTTCCGAACCGGTTCCGGTCCCATCCCGGTCCAAGCCCCGCCAGCCTCCGCTTCACCGCGCCTCTCCGTCTCTGTGTCCCTGCATGCGGAGGCAAGCATCCGCCGCTCCGCTTCAGAATCGAACATCATCCGCTCGGAGATGCGGACGCTGAGCAGGCACCGCTCGCGCTCCTTCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130996264
ATGAAGTCCATGCTTTTCCGAACCGGTTCCGGTCCCATCCCGGTCCAAGCCCCGCCAGCCTCCGCTTCACCGCGCCTCTCCGTCTCTGTGTCCCTGCATGCGGAGGCAAGCATCCGCCGCTCCGCTTCAGAATCGAACATCATCCGCTCGGAGATGCGGACGCTGAGCAGGCACCGCTCGCGCTCCTTCAGTTCGTTGCGGATACCCGAGATGGAGAACGAACACTGCGGCAGCGACGCCGGCGGAGGAATGAATAAGAA...
LOC130996264
ATGAAGTCCATGCTTTTCCGAACCGGTTCCGGTCCCATCCCGGTCCAAGCCCCGCCAGCCTCCGCTTCACCGCGCCTCTCCGTCTCTGTGTCCCTGCATGCGGAGGCAAGCATCCGCCGCTCCGCTTCAGAATCGAACATCATCCGCTCGGAGATGCGGACGCTGAGCAGGCACCGCTCGCGCTCCTTCAGTTCGTTGCGGATACCCGAGATGGAGAACGAACACTGCGGCAGCGACGCCGGCGGAGGAATGAATAAGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777754.1
MKSMLFRTGSGPIPVQAPPASASPRLSVSVSLHAEASIRRSASESNIIRSEMRTLSRHRSRSFSSLRIPEMENEHCGSDAGGGMNKNRKSGGSGSGSGGGAERSDVGAYYREMIKSNPTNSLLLRNYGRYLHEVEGNVVKAEEYYGRAILASPGDGEVLSLYGKLIWETQRDEGRAKSYFTQAIQASPHDSMVLGSYAHFLWEADEEECEDDEETETGVAPVLPTMVKAF
XP_057777755.1
MKSMLFRTGSGPIPVQAPPASASPRLSVSVSLHAEASIRRSASESNIIRSEMRTLSRHRSRSFSSLRIPEMENEHCGSDAGGGMNKNRKSGGSGSGSGGGAERSDVGAYYREMIKSNPTNSLLLRNYGRYLHEVEGNVVKAEEYYGRAILASPGDGEVLSLYGKLIWETQRDEGRAKSYFTQAIQASPHDRIQTNDLVNTRHTHLRAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器