当前解析结果
SmilChr07G004736| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004736 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004736 |
| 描述 | flotillin-like protein 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 60223975 - 60231581 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996286 |
|---|---|
| GeneID | 130996286 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996286 |
| 原始查询 | LOC130996286 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | flotillin-like protein 3 |
| 产物 | flotillin-like protein 3 |
| Arabidopsis | AT5G25260 (AT5G25260)SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832597] identity=69.3; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0481500 (FLOT1)- identity=69.3; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0044853 (plasma membrane raft); GO:0072659 (protein localization to plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01145 (Band_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996286 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057777774.1 |
| 2 | Membrane raft | 膜筏 | 0.40000 | XP_057777774.1 |
| 3 | Melanosome | Melanosome | 0.40000 | XP_057777774.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777774.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777774.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:60224306 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,C5 |
Chr7:60224323 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B119 |
Chr7:60224342 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:60230272 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,C28 |
Chr7:60230357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B6,C21,C58,C67 |
Chr7:60230465 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,C33 |
Chr7:60230531 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr7:60230594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr7:60230619 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C31,C58 |
Chr7:60230619 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C31,C58 |
Chr7:60230666 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B133,B80,C70,D10 |
Chr7:60230761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 11 | A10,B114,B12,B131,B53,B59,B66,B78,C28,C38,C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777774.1PF01145
Band_7 6-183 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777774.1 |
Pfam | PF01145 |
Band_7 | Domain | 6 | 183 | 1.2e-21 | 78.2 | SPFH domain / Band 7 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。