Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003397`

染色体: Chr07 坐标: 36834043-36838668 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003397`
名称	SmilChr07G003397
描述	uncharacterized SmilChr07G003397
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	36834043 - 36838668 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996288`
GeneID	`130996288`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996288`
原始查询	`LOC130996288`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutaredoxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820365]; symbol=AT3G11920; hit=AT3G11920; species=arabidopsis; confidence=high
产物	glutaredoxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820365]; symbol=AT3G11920; hit=AT3G11920; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G11920` (AT3G11920) glutaredoxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820365] identity=57.8; qcov=0.877; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0482900` (OsGRL19) - identity=50.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG	-
Pfam	PF00462 (Glutaredoxin); PF00610 (DEP); PF04784 (DUF547)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996288

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057777775.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057777775.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057777775.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777775.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777775.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:36834308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B52,B86,C43
`Chr7:36834380`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B52,B67,B86
`Chr7:36834668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C65,D11
`Chr7:36834876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr7:36834965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr7:36835393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C65,D11
`Chr7:36837653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr7:36837707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B31,C80,C86
`Chr7:36837743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr7:36837809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr7:36837857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C28,C5
`Chr7:36837863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777775.1

649 aa

324

649

Glutaredoxin

DEP

DUF547

PF00462 Glutaredoxin 183-241 aa PF00610 DEP 303-370 aa PF04784 DUF547 449-575 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777775.1`	Pfam	`PF00462`	Glutaredoxin	Domain	183	241	4.7e-13	49.9	Glutaredoxin
`XP_057777775.1`	Pfam	`PF00610`	DEP	Domain	303	370	5.2e-17	62.2	Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP)
`XP_057777775.1`	Pfam	`PF04784`	DUF547	Family	449	575	2.2e-30	105.9	Protein of unknown function, DUF547

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921792.1
AATGTAATTGTAATATTTATATTATATTATATGGTTGTAGAGAGTATATAAATATGTGCAGTGTAGTATCCCTCCAACATAACTGTCAGCCCGTCGTCTCCGCTCCTTTCTCTCTCTCTTTCCATTTCAATTCCTTTCTCCCTCCCAAAACACTGTATAAACCTTCTCCTATGGAAAATCCTCTACCACCTGCCCTCGATTTGCCTCGGGATATCATCCACACCGAATTCGATGCCAAAATTGCACAAAATCTCAGCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996288
ATGTGCAGTGTAGTATCCCTCCAACATAACTGTCAGCCCGTCGTCTCCGCTCCTTTCTCTCTCTCTTTCCATTTCAATTCCTTTCTCCCTCCCAAAACACTGTATAAACCTTCTCCTATGGAAAATCCTCTACCACCTGCCCTCGATTTGCCTCGGGATATCATCCACACCGAATTCGATGCCAAAATTGCACAAAATCTCAGCCCCCAAACCGACGCACTCATTGCGGATTCTCCCGACGACCGATCGGATTCTCACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777775.1
MCSVVSLQHNCQPVVSAPFSLSFHFNSFLPPKTLYKPSPMENPLPPALDLPRDIIHTEFDAKIAQNLSPQTDALIADSPDDRSDSHPNGVIIPPHSLLPKPEAPPGLLERSLSMPETFDSPASAIGKFFREKSNSVSEALKRISSLTKDDDDEDLLVKEFNLVGVKVVKTLKQGMKEMKGRISFFSRSNCRDSTAVRSFLRERNLSYVEINIDVYPGRGKELRERTGGASVPQLFFNEKLIGGLVALNSLRNSGMLEAKM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器