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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003396

染色体: Chr07 坐标: 36827067-36833949 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003396
名称SmilChr07G003396
描述plant UBX domain-containing protein 7-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36827067 - 36833949 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996289
GeneID130996289
locus_tag-
NCBI NameLOC130996289
原始查询LOC130996289

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述plant UBX domain-containing protein 7-like
产物plant UBX domain-containing protein 7-like
ArabidopsisAT1G14570 (AT1G14570)
UBX domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838019]
identity=49.1; qcov=1.08; evalue=2.67e-153; confidence=high
RiceOs04g0670800
-
identity=52.9; qcov=0.785; evalue=2.12e-133; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0043130 (ubiquitin binding); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG-
PfamPF00789 (UBX); PF13098 (Thioredoxin_2); PF13899 (Thioredoxin_7); PF14555 (UBA_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996289

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777777.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777777.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057777777.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777777.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777777.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36827245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:36829388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:36829432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D11
Chr7:36829507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B120,B18,B48,C24
Chr7:36829548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr7:36829556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:36829963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D11
Chr7:36832260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:36833200 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D11
Chr7:36833525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777777.1
470 aa
N
1
235
470
UBA_4
Thioredoxin_7
Thioredoxin_2
UBX
C
PF14555 UBA_4 12-46 aa PF13899 Thioredoxin_7 211-290 aa PF13098 Thioredoxin_2 212-310 aa PF00789 UBX 394-459 aa
XP_057777778.1
470 aa
N
1
235
470
UBA_4
Thioredoxin_7
Thioredoxin_2
UBX
C
PF14555 UBA_4 12-46 aa PF13899 Thioredoxin_7 211-290 aa PF13098 Thioredoxin_2 212-310 aa PF00789 UBX 394-459 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777777.1 Pfam PF14555 UBA_4 Domain 12 46 5.1e-10 39.7 UBA-like domain
XP_057777777.1 Pfam PF13899 Thioredoxin_7 Domain 211 290 7.5e-14 52.3 Thioredoxin-like
XP_057777777.1 Pfam PF13098 Thioredoxin_2 Domain 212 310 3.9e-07 31.1 Thioredoxin-like domain
XP_057777777.1 Pfam PF00789 UBX Domain 394 459 6.5e-06 27.0 UBX domain
XP_057777778.1 Pfam PF14555 UBA_4 Domain 12 46 5.1e-10 39.7 UBA-like domain
XP_057777778.1 Pfam PF13899 Thioredoxin_7 Domain 211 290 7.5e-14 52.3 Thioredoxin-like
XP_057777778.1 Pfam PF13098 Thioredoxin_2 Domain 212 310 3.9e-07 31.1 Thioredoxin-like domain
XP_057777778.1 Pfam PF00789 UBX Domain 394 459 6.5e-06 27.0 UBX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921794.1
AAAATAAGAGCGATGAAGATGAAAATGATTAAATGAAAATGGAGACGACTTCCAGATTTTATGCTCTAAAATGCAGCCACGTGATAAAGACTACAGTGTTTCTTAAATGTTACTACTACTATTCTTCTTCAGATTATTTGGTGGGAATATTTGGTAGTCTAAATGTCAATGGAGGAGGGGTTTTCTGCTGGCATGGTCTCTTCCTTTCTCGAAATTGCTGTCGGCCAAACCGCCGATACCGCTCGTCACTTCCTTCAGGC...
XM_057921795.1
AAATGATTAAATGAAAATGGAGACGACTTCCAGATTTTATGCTCTAAAATGCAGCCACGTGATAAAGACTACAGTGTTTCTTAAATGTTACTACTACTATTCTTCTTCAGATTATTTGGTGGGAATATTTGGTAGTCTAAATGTCAATGGAGGAGGGGTTTTCTGCTGGCATGGTCTCTTCCTTTCTCGAAATTGCTGTCGGCCAAACCGCCGATACCGCTCGTCACTTCCTTCAGGCTACTGGATGGAAGCTCGAGGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996289
ATGTCAATGGAGGAGGGGTTTTCTGCTGGCATGGTCTCTTCCTTTCTCGAAATTGCTGTCGGCCAAACCGCCGATACCGCTCGTCACTTCCTTCAGGCTACTGGATGGAAGCTCGAGGAAGCTATTCAACATTTTTATGTAGGAAATGAAGGTGGGTTAGGTACACAATCTGCATATTCTCCACCAAGAGAAAGTGATATGCCCCTCAATCATCCAAATCTCAGTGAACTGGAAAAGGAATTGGTAGAGAAATACACAAG...
LOC130996289
ATGTCAATGGAGGAGGGGTTTTCTGCTGGCATGGTCTCTTCCTTTCTCGAAATTGCTGTCGGCCAAACCGCCGATACCGCTCGTCACTTCCTTCAGGCTACTGGATGGAAGCTCGAGGAAGCTATTCAACATTTTTATGTAGGAAATGAAGGTGGGTTAGGTACACAATCTGCATATTCTCCACCAAGAGAAAGTGATATGCCCCTCAATCATCCAAATCTCAGTGAACTGGAAAAGGAATTGGTAGAGAAATACACAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777777.1
MSMEEGFSAGMVSSFLEIAVGQTADTARHFLQATGWKLEEAIQHFYVGNEGGLGTQSAYSPPRESDMPLNHPNLSELEKELVEKYTRQLDEEDARPTLPMKRGVLYDNELEKELVEKYTRQVDGEDVRPPLPVKRDVLYDSPMLYSGSPGARDSSHAAHSVVPFRNFEEEMKYPGVWETEGASSSSAVDRTQDNLASLYRPPFALMFHGPFEKAKDNARMQNKWLIVNMQSTKEFSSHTLNRDTWANEAIAQTIKTNFIF...
XP_057777778.1
MSMEEGFSAGMVSSFLEIAVGQTADTARHFLQATGWKLEEAIQHFYVGNEGGLGTQSAYSPPRESDMPLNHPNLSELEKELVEKYTRQLDEEDARPTLPMKRGVLYDNELEKELVEKYTRQVDGEDVRPPLPVKRDVLYDSPMLYSGSPGARDSSHAAHSVVPFRNFEEEMKYPGVWETEGASSSSAVDRTQDNLASLYRPPFALMFHGPFEKAKDNARMQNKWLIVNMQSTKEFSSHTLNRDTWANEAIAQTIKTNFIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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