Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003402`

染色体: Chr07 坐标: 36919044-36924500 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003402`
名称	SmilChr07G003402
描述	tobamovirus multiplication protein 3-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	36919044 - 36924500 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996292`
GeneID	`130996292`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996292`
原始查询	`LOC130996292`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tobamovirus multiplication protein 3-like
产物	tobamovirus multiplication protein 3-like
Arabidopsis	`AT2G02180` (TOM3) tobamovirus multiplication protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814749] identity=83.6; qcov=0.959; evalue=1.89e-177; confidence=high
Rice	`Os10g0537500` (OSJNBa0040D23.4) - identity=82.1; qcov=0.915; evalue=2.14e-168; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06454 (THH1_TOM1-3_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057777782.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057777782.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057777782.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057777782.1`
5	Lysosome	溶酶体	0.20000	`XP_057777782.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:36919397`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C30
`Chr7:36919397`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C30
`Chr7:36919400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr7:36919495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr7:36922340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B114,B17,B73,C30
`Chr7:36924000`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777782.1

293 aa

146

293

THH1_TOM1-3_dom

PF06454 THH1_TOM1-3_dom 22-293 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777782.1`	Pfam	`PF06454`	THH1_TOM1-3_dom	Domain	22	293	9.5e-148	491.7	THH1/TOM1/TOM3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921799.1
TTGGATTGGGGAGTTTTGGTTTTGCATGCATGTAAGAAGGATAAACATAAAATGGTGTGATGCGAAATTAGGAGAGAAATTAAAAAAAGAAAAGGAAAGAGTCATCGACGTCGACCCACGTGTTCACGCTTGGCATATACTTCCTTCTCCACCTTTCCTTCTTTCACCGCCCTTCAAAAAATTTCCCCCTAAATCGAATTAACCCCCAATTTTCTGGTTTTTTTGTTGGAGGAAATTTTCGCAATCTCGCCACCCCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996292
ATGGTGGCGGGGTTGTTTGGCCTTTCGGCGGAGGAGGCCGTCGTCGCGCTCCGCCTCAAGGCCGCCACGAGTTGGTGGGACATAGTCAATCACTCTGCCGCTTGGCAGGACCGTATTTTCCATGTGCTCGCTGTGCTTTATGGGATCGTCGCTGCTGTTGCTCTTGTACAATTGGTGAGAATACAATTGAGAGTACCCGAGTATGGTTGGACGACTCAGAAAGTATTCCATTTTCTAAATTTCTTAGTCAATGGAGTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777782.1
MVAGLFGLSAEEAVVALRLKAATSWWDIVNHSAAWQDRIFHVLAVLYGIVAAVALVQLVRIQLRVPEYGWTTQKVFHFLNFLVNGVRSIVFAFRRDVQKLDPEITRHILLDLPSLAFFTTYALLVLFWAEIYYQARAVSTDGLRPTFYTVNGVVYFIQMVLWLVLWWKPVHVVVVLSKMFFAGVSLFAALGFLLYGGRLFLMLQRFPVESKGRRKKLQEVGYVTTICFACFLVRCIMMCFDAFDPAADLDLLDHPILNFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器