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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003417

染色体: Chr08 坐标: 36351883-36353345 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003417
名称SmilChr08G003417
描述growth-regulating factor 3-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向36351883 - 36353345 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996553
GeneID130996553
locus_tag-
NCBI NameLOC130996553
原始查询LOC130996553

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述growth-regulating factor 3-like
产物growth-regulating factor 3-like
ArabidopsisAT3G52910 (GRF4)
growth-regulating factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824457]
identity=38.3; qcov=1.23; evalue=3.88e-58; confidence=medium
RiceOs02g0701300 (GS2)
-
identity=53.9; qcov=0.338; evalue=4.09e-34; confidence=low
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0032502 (developmental process)
KEGG-
PfamPF08879 (WRC); PF08880 (QLQ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996553

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777813.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777813.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777813.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777813.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777813.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777813.1
308 aa
N
1
154
308
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 55-87 aa PF08879 WRC 114-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777813.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 55 87 4.1e-11 43.1 QLQ
XP_057777813.1 Pfam PF08879 WRC Domain 114 156 7.5e-21 74.3 WRC

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921830.1
TAAACATGGTACACATCTTTTCAAGAAATGTGTAGAGATATCTATATTTTCATAACAACCACCAATATATAAATAGATAGTCAGTTTATGTCGACTGCGAAGTTGCTGTAAAAAAGCGGTTTTAACTTTCTCTGAACACCAAACTCAGTTTTACTACAAAGTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGAAACAAACTGACTGACTTCCATGGATTTCAATCTGAAGCAATGGAGAGATGAGTCAGAACATGAAACATCAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996553
ATGGATTTCAATCTGAAGCAATGGAGAGATGAGTCAGAACATGAAACATCAGCAAAGCTACCAAAACTGAACTCATCATCATCTCCACTCCCCTTGTTTGTTCCTCTCTCCTCAACCGCCACCAAACTCCCCACTCCCGCAGGAATGGGGGGTGGGACCTACTTCAGCTCCGCCCAGTGGCAGGAGCTTGAGCTTCAAGCTCTCATATTCAGACACATCATGGGTGGCGCCGCCGTTCCGCCGGAGCTCCTCCATCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777813.1
MDFNLKQWRDESEHETSAKLPKLNSSSSPLPLFVPLSSTATKLPTPAGMGGGTYFSSAQWQELELQALIFRHIMGGAAVPPELLHLVKKSLVGSPAYYLCNPLHYYHPSSSMDPEPGRCRRTDGKKWRCSRDVVAAQKYCERHMHRGKNRSRKPVEIPTATAPRFSLSGPLTYVDLHHHNHNPRPMESIPETKCPSQPQNDAGDPTLRHFFHDWPRSLDQAADDAATNLSISTSDFSLKLGSGSGDGGEGSRSQMNWGMA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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