Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003772`

染色体: Chr01 坐标: 56083016-56085836 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003772`
名称	SmilChr01G003772
描述	2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56083016 - 56085836 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996555`
GeneID	`130996555`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996555`
原始查询	`LOC130996555`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
产物	2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like
Arabidopsis	`AT5G16990` (AT5G16990) Zinc-binding dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831562] identity=65; qcov=0.986; evalue=2.88e-158; confidence=high
Rice	`Os04g0497000` (OsNADPH1) - identity=60.6; qcov=0.986; evalue=1.02e-144; confidence=high
GO	GO:0032440 (2-alkenal reductase [NAD(P)H] activity)
KEGG	-
Pfam	PF00107 (ADH_zinc_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2); PF16884 (ADH_N_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057777824.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057777824.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057777824.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777824.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777824.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56083244`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B117
`Chr1:56083244`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B117
`Chr1:56083291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B140,B73,C61
`Chr1:56084756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr1:56085333`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,A8,C74,C8,D4
`Chr1:56085402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C57,D11
`Chr1:56085695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B28,B61,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777824.1

345 aa

172

345

ADH_N_2

ADH_zinc_N

ADH_zinc_N_2

PF16884 ADH_N_2 8-116 aa PF00107 ADH_zinc_N 167-300 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 201-338 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777824.1`	Pfam	`PF16884`	ADH_N_2	Family	8	116	5.7e-26	91.2	N-terminal domain of oxidoreductase
`XP_057777824.1`	Pfam	`PF00107`	ADH_zinc_N	Domain	167	300	9.7e-25	87.7	Zinc-binding dehydrogenase
`XP_057777824.1`	Pfam	`PF13602`	ADH_zinc_N_2	Domain	201	338	4.6e-06	28.3	Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921841.1
TCCATTATTTTTTAGGTAGGCCCCTTTGGAAAAAGTCCATATAAGACAGAGAGGCAGATGAGTTTTCCTCACATAGTGTAGGGGCTTGGCAGGGCAGGTGAGAAGAAAAAGAAAAAAATGGTGGAGGAAGTGAGCAACAAACAGGTGATATTCAAGGGCTACATTAATGGATATCCCAAAGAATCTGATATGATTCTCAAAACCTCCACAATCAAACTGAAGGTGCCGGAAGGCTGCAGCGACGCCGTTTTGGTGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996555
ATGGTGGAGGAAGTGAGCAACAAACAGGTGATATTCAAGGGCTACATTAATGGATATCCCAAAGAATCTGATATGATTCTCAAAACCTCCACAATCAAACTGAAGGTGCCGGAAGGCTGCAGCGACGCCGTTTTGGTGAAGAATCTCTACTTATCCTGCGATCCTTACATGCGCAGCCGCATGACCAAAACCGACCACAACTATGTTCCCATCTTTACCCCTGCCCAGCCGATGAGTGGAGAAGGAGTGGGAAAAGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777824.1
MVEEVSNKQVIFKGYINGYPKESDMILKTSTIKLKVPEGCSDAVLVKNLYLSCDPYMRSRMTKTDHNYVPIFTPAQPMSGEGVGKVVDSSHPDFRKGDLVAGITEWEEYSLIKSTAFIRKIDEQAGVPLSYHLGILGMPGLTAYVGFYEISSPKEGETVFVSAASGAVGQLVGQFAKLSGCYVVGSAGTKHKVDLLKTKFGFDDAFNYKEEADLDAALKRHFRGGIDIYFDNVGGKMLDAVLPNMNFNGRIATCGMISQY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器