当前解析结果
SmilChr08G003442| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003442 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003442 |
| 描述 | cytochrome P450 94C1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 36793675 - 36795588 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996575 |
|---|---|
| GeneID | 130996575 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996575 |
| 原始查询 | LOC130996575 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 94C1-like |
| 产物 | cytochrome P450 94C1-like |
| Arabidopsis | AT2G27690 (CYP94C1)cytochrome P450, family 94, subfamily C, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817315] identity=54.6; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0858350- identity=56.3; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996575 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057777855.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057777855.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777855.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777855.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777855.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:36793958 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:36794370 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B100,B8 |
Chr8:36794373 |
C |
CGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 5 | A23,B100,B136,B8,C48 |
Chr8:36794373 |
C |
CGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 5 | A23,B100,B136,B8,C48 |
Chr8:36794395 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 20 | A21,A4,B100,B103,B117,B136,B14,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58,C63 |
Chr8:36794399 |
C |
CTG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A21,A4,B100,B103,B117,B136,B14,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58 |
Chr8:36794428 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B14,B55 |
Chr8:36794428 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B14,B55 |
Chr8:36794431 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A21,A4,A7,B103,B117,B136,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58 |
Chr8:36794434 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A21,A4,A7,B103,B117,B136,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58 |
Chr8:36794435 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A21,A4,A7,B103,B117,B136,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58 |
Chr8:36794506 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A21,B103,B117,B136,B14,B37,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C54 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777855.1PF00067
p450 82-466 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777855.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 82 | 466 | 5.7e-50 | 171.1 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。