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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003471

染色体: Chr08 坐标: 37328225-37331484 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003471
名称SmilChr08G003471
描述transcription factor MYB3R-1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37328225 - 37331484 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996594
GeneID130996594
locus_tag-
NCBI NameLOC130996594
原始查询LOC130996594

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB3R-1-like
产物transcription factor MYB3R-1-like
ArabidopsisAT4G32730 (PC-MYB1)
Homeodomain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829409]
identity=63.2; qcov=0.416; evalue=1.89e-76; confidence=low
RiceOs12g0238000 (OsMYB3R-1)
-
identity=66.5; qcov=0.395; evalue=2.86e-78; confidence=low
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996594

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777872.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777872.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777872.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777872.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777872.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37328594 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 49 A1,A18,A8,A9,B100,B105,B115,B130,B15,B16,B21,B25,B26,B29,B31,B35,B41,B44,B47,B48,B51,B59,B65,B71,B83,B84,B87,B89,B95,B98,C15,C20,C28,C31,C33,C35,C41,C45,C56,C61,C70,C71,C72,C75,C76,C80,C82,C87,D6
Chr8:37328595 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 50 A13,A14,A16,A20,A21,A5,B106,B107,B118,B12,B120,B122,B134,B138,B140,B27,B32,B4,B53,B54,B57,B58,B64,B68,B72,B74,B78,B80,B97,B99,C13,C17,C18,C22,C24,C27,C36,C37,C4,C42,C46,C58,C64,C66,C81,C84,C9,D2,D7,D9
Chr8:37329399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:37329633 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B1,B94
Chr8:37329633 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 B1,B94
Chr8:37330882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,A6,C20,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777872.1
474 aa
N
1
237
474
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 45-90 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 47-104 aa PF00249 Myb_DNA-binding 96-142 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 99-156 aa PF00249 Myb_DNA-binding 150-190 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 151-195 aa
XP_057777873.1
474 aa
N
1
237
474
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 45-90 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 47-104 aa PF00249 Myb_DNA-binding 96-142 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 99-156 aa PF00249 Myb_DNA-binding 150-190 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 151-195 aa
XP_057777875.1
438 aa
N
1
219
438
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 45-90 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 47-104 aa PF00249 Myb_DNA-binding 96-142 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 99-156 aa PF00249 Myb_DNA-binding 150-190 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 151-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777872.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 45 90 5.2e-52 174.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777872.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 47 104 2.5e-44 150.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777872.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 96 142 5.2e-52 174.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777872.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 99 156 2.5e-44 150.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777872.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 150 190 5.2e-52 174.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777872.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 151 195 2.5e-44 150.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777873.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 45 90 5.2e-52 174.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777873.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 47 104 2.5e-44 150.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777873.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 96 142 5.2e-52 174.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777873.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 99 156 2.5e-44 150.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777873.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 150 190 5.2e-52 174.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777873.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 151 195 2.5e-44 150.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777875.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 45 90 3.8e-52 174.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777875.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 47 104 9.7e-45 151.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777875.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 96 142 3.8e-52 174.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777875.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 99 156 9.7e-45 151.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777875.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 150 190 3.8e-52 174.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057777875.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 151 195 9.7e-45 151.3 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921892.1
CTGTTTCTACAGAATCTTGGTAATCCACTCATCTACTTCCACATGCACTAACTCTCTCTCTCTTCAATGTCTCCCGCGAAATTTTCACCGCCTTTTTCTCTCTCTAGGCGCCTTCGCCAGTGACAGTCACTCTCTCACTTCCCAGAATCTTCGTACTTTCCATTATATACAAGAAAACTTTTTTGATTTCAAACTGTTGAGTTGTAACTAATATTCCTGCATAGAGAAAAAGAGATTTCCTCCTGCCCCGGTATATCTTG...
XM_057921890.1
CTGTTTCTACAGAATCTTGGTAATCCACTCATCTACTTCCACATGCACTAACTCTCTCTCTCTTCAATGTCTCCCGCGAAATTTTCACCGCCTTTTTCTCTCTCTAGGCGCCTTCGCCAGTGACAGTCACTCTCTCACTTCCCAGAATCTTCGTACTTTCCATTATATACAAGAAAACTTTTTTGATTTCAAACTGTTGAGTTGTAACTAATATTCCTGCATAGAGAAAAAGAGATTTCCTCCTGCCCCGGTATATCTTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130996594
ATGGAAGAAGTTAAATGTAGTAAAATTGAAGCAGAAAAAGAGGATGGCAGAAATAACAGTGCTGCTGCTGTTGATGATGATGTCCATGGCAACTCAAGAAAATTGTCTGGTCCAACAAGAAGATCATCCAAGGCAAACTGGACAGAGGGAGAGGATAACATTTTGCGAGATGCTGTTAAAAAATATGAAGGGAAGTCGTGGAAGAAAATAGCTGGATGCCTCCCTGGTCGAACGGATGTTCAGTGCTTGCATCGTTGGCA...
LOC130996594
ATGGAAGAAGTTAAATGTAGTAAAATTGAAGCAGAAAAAGAGGATGGCAGAAATAACAGTGCTGCTGCTGTTGATGATGATGTCCATGGCAACTCAAGAAAATTGTCTGGTCCAACAAGAAGATCATCCAAGGCAAACTGGACAGAGGGAGAGGATAACATTTTGCGAGATGCTGTTAAAAAATATGAAGGGAAGTCGTGGAAGAAAATAGCTGGATGCCTCCCTGGTCGAACGGATGTTCAGTGCTTGCATCGTTGGCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777872.1
MEEVKCSKIEAEKEDGRNNSAAAVDDDVHGNSRKLSGPTRRSSKANWTEGEDNILRDAVKKYEGKSWKKIAGCLPGRTDVQCLHRWQKVLNPDLVKGPWSKEEDGILIELVENSGDHKWSEIAEQLPGRMGKQCRERWYNHLKPEINKAAWTDEEERILISAHAEYGNKWSILAKLLPGRTENSVKNHWNCSLKKRLCSYPACGSIANHPRLSVPPLQANSKRVARDSTEANQTLSTTNLDSGSNIELCSMDFFLGNLSN...
XP_057777873.1
MEEVKCSKIEAEKEDGRNNSAAAVDDDVHGNSRKLSGPTRRSSKANWTEGEDNILRDAVKKYEGKSWKKIAGCLPGRTDVQCLHRWQKVLNPDLVKGPWSKEEDGILIELVENSGDHKWSEIAEQLPGRMGKQCRERWYNHLKPEINKAAWTDEEERILISAHAEYGNKWSILAKLLPGRTENSVKNHWNCSLKKRLCSYPACGSIANHPRLSVPPLQANSKRVARDSTEANQTLSTTNLDSGSNIELCSMDFFLGNLSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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