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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003477

染色体: Chr08 坐标: 37386257-37389568 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003477
名称SmilChr08G003477
描述purple acid phosphatase 22-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37386257 - 37389568 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996600
GeneID130996600
locus_tag-
NCBI NameLOC130996600
原始查询LOC130996600

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述purple acid phosphatase 22-like
产物purple acid phosphatase 22-like
ArabidopsisAT3G52820 (PAP22)
purple acid phosphatase 22 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824448]
identity=70.1; qcov=0.921; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0410600 (OsPAP21a)
-
identity=63; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos); PF14008 (Metallophos_C); PF16656 (Pur_ac_phosph_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996600

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057777881.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057777881.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777881.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777881.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777881.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37386467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:37386509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:37386754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr8:37386833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B87,C15,C42,C45
Chr8:37386906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:37388220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B79,C43
Chr8:37388223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:37388324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr8:37388334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr8:37388409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr8:37388425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B121
Chr8:37388445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777881.1
429 aa
N
1
214
429
Pur_ac_phosph_N
Metallophos
Metallophos_C
C
PF16656 Pur_ac_phosph_N 38-125 aa PF00149 Metallophos 134-324 aa PF14008 Metallophos_C 339-399 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777881.1 Pfam PF16656 Pur_ac_phosph_N Domain 38 125 2.5e-21 76.8 Purple acid Phosphatase, N-terminal domain
XP_057777881.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 134 324 4.2e-19 70.5 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057777881.1 Pfam PF14008 Metallophos_C Domain 339 399 1.8e-20 74.0 Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921898.1
TTACTCGTCGTACTCTTAATTTATTATTCCTTCAGATATTTATTCTTCAATTCTCCTAACTAAGCATCTTATTGTTCACCAGTATATACATCCCTCCTTACTAACTAATAACTACATCAAGTTAACTGACAATTGTTGGGACTGAAAATTAAAGATCATATCATGTTGCTCCTCTTTTTCTTCTTGCTTTTCGCACCATCGGTTTCACCGGAATACACCCGTCCGCCTCCCCGCCCTCTCATTTTCAGGCAACACAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996600
ATGTTGCTCCTCTTTTTCTTCTTGCTTTTCGCACCATCGGTTTCACCGGAATACACCCGTCCGCCTCCCCGCCCTCTCATTTTCAGGCAACACAATGGGACTGAATCCGCCCCCCAACAGGTACACATTTCATTGGCAGGGAAGGATTACATGAGGGTTTCGTGGATAACCGATGAAAAATCTCAATCCGTCGTAGAATACGGGAAAGCGCCCGGAGAATACAGCGCCGCCTCCTCCGGCGAGGAAACTACGTCGTACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777881.1
MLLLFFFLLFAPSVSPEYTRPPPRPLIFRQHNGTESAPQQVHISLAGKDYMRVSWITDEKSQSVVEYGKAPGEYSAASSGEETTSYQYFFYRSGEIHHVKIGPLEPSTTYYYRCGGGGQEFSFRTPPSAFPVEFAVAGDLGQTEWTESTLAHLGSRDYDVFLVPGDLSYADTQQPLWDSFGRLVEPYASGRPWMVTAGNHEIETFPIIYPHGFKAYNARWLMPYQEANSQSNLYYSFDVAGAHVLMLASYTDFDADSDQY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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