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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003747

染色体: Chr01 坐标: 55791943-55794855 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003747
名称SmilChr01G003747
描述outer envelope pore protein 37, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55791943 - 55794855 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996611
GeneID130996611
locus_tag-
NCBI NameLOC130996611
原始查询LOC130996611

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述outer envelope pore protein 37, chloroplastic-like
产物outer envelope pore protein 37%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G43950 (OEP37)
chloroplast outer envelope protein 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819000]
identity=61.6; qcov=0.994; evalue=7.61e-137; confidence=high
RiceOs02g0608900
-
identity=53.8; qcov=0.91; evalue=7.89e-114; confidence=high
GOGO:0005216 (monoatomic ion channel activity); GO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0009707 (chloroplast outer membrane)
KEGG-
PfamPF28611 (OEP37)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057777893.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057777893.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777893.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777893.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777893.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55792219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B51,B55,B67,C21,C35
Chr1:55792336 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B126
Chr1:55792336 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B126
Chr1:55793171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:55794202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:55794600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777893.1
335 aa
N
1
168
335
OEP37
C
PF28611 OEP37 47-335 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777893.1 Pfam PF28611 OEP37 Family 47 335 1.3e-150 501.0 Outer envelope pore protein 37

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921910.1
CGCACATTAATTCCACTTAAAATCAGTGAGAGGAAAAACAAAACAAAAAACACTAAAGAAAAAGCTCAAAAAATATCCAACACCAATGGTCGAACCAAAGCCCGGACCGCCGTCCATACCTCCTCCACCTCCACCGCCACCGCCGCCGCCAGCTGCAGACGGCGGCGTGGAGGCCCCGGGAGTGGTCAGTTTCGGCGGTTTCTTCAAAATGGGTCGGCCAAAGTTGCGAGTAACATCCGAATTCGACAGCGAGAGCTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996611
ATGGTCGAACCAAAGCCCGGACCGCCGTCCATACCTCCTCCACCTCCACCGCCACCGCCGCCGCCAGCTGCAGACGGCGGCGTGGAGGCCCCGGGAGTGGTCAGTTTCGGCGGTTTCTTCAAAATGGGTCGGCCAAAGTTGCGAGTAACATCCGAATTCGACAGCGAGAGCTCCGTTTTCTTCAACAAAATCTCGTGCAAATTATTGGACAATCTGGCCAAACTCAAGCTCACTTTTCAAAATGGCAGCAACGGGGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777893.1
MVEPKPGPPSIPPPPPPPPPPPAADGGVEAPGVVSFGGFFKMGRPKLRVTSEFDSESSVFFNKISCKLLDNLAKLKLTFQNGSNGEVLEPQIFLNSKFLSLQYDVEESDALLKANFEIAPGLQFRAAHEFKARQGEVAMVADLAGPAYKFELSSAVPSIGMPRATLKFPLGEISLEEKDEEIEEQKRAISVNGIIKSHILGGIYTARFSDENLDLRYAYKDGEMTFIPSLSLPSNALACAFKRRFSPSDKLSYLYKFDTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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