当前解析结果
SmilChr08G003501| 统一基因 ID | SmilChr08G003501 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003501 |
| 描述 | uncharacterized protein At2g39795, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 37575916 - 37578113 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996618 |
|---|---|
| GeneID | 130996618 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130996618 |
| 原始查询 | LOC130996618 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831729]; symbol=AT5G02050; hit=AT5G02050; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831729]; symbol=AT5G02050; hit=AT5G02050; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 拟南芥 | AT5G02050 (AT5G02050)Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831729] identity=37.01; qcov=0.853; evalue=2.54e-36; confidence=medium |
| 水稻 | Os01g0143300- identity=43.72; qcov=0.614; evalue=1.7e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0005759 (mitochondrial matrix) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02330 (MAM33) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996618 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 线粒体 | 1.00000 | SmilChr08G003501.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:37576608 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:37576644 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B16,B31 |
Chr8:37576677 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B59,B96 |
Chr8:37576682 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A8,B122,B53,B57,C11,C26,C69 |
Chr8:37576834 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B46,B70,C62 |
Chr8:37576834 |
A |
ATG |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B46,B70,C62 |
Chr8:37576854 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B30,B69,C19 |
Chr8:37577829 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
SmilChr08G003501.1PF02330
MAM33 76-219 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G003501.1XP_057777899.1 |
Pfam | PF02330 |
MAM33 | Domain | 76 | 219 | 4.4e-27 | 96.1 | Mitochondrial glycoprotein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”;序号在当前参考发布内固定,来源 accession 同时保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。