Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003741

染色体: Chr01 坐标: 55717740-55721386 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003741
名称SmilChr01G003741
描述probable uridine nucleosidase 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55717740 - 55721386 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996629
GeneID130996629
locus_tag-
NCBI NameLOC130996629
原始查询LOC130996629

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable uridine nucleosidase 2
产物probable uridine nucleosidase 2
ArabidopsisAT1G05620 (URH2)
uridine-ribohydrolase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837068]
identity=77.7; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0425200
-
identity=75.5; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0006152 (purine nucleoside catabolic process); GO:0008477 (purine nucleosidase activity)
KEGGsmil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00760 (Nicotinate and nicotinamide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01156 (IU_nuc_hydro)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996629

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057777910.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057777910.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057777910.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777910.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55719677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:55720681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C21
Chr1:55720945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B139,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777910.1
320 aa
N
1
160
320
IU_nuc_hydro
C
PF01156 IU_nuc_hydro 7-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777910.1 Pfam PF01156 IU_nuc_hydro Domain 7 310 1.2e-91 308.2 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921927.1
ATAAAAAGAGACGAAAAGAAACACCAAAAATAACAATCGTCTAATTGTGAGTCTGTGACAAAAAAATAAAAAAAAGTTGAGACAGAACTAAAAGGAAATAAAGATAAGAGTAAGTGGGTTGTAAAATGGGACAAGCGAAATTCAATTTCCAAACCCAAGCAAAATCTTAATACAATATTCAAACATAATTATATTTGATTGGATCCCAGCTGTGAAATTATCAGATTCAGTCAATGGAGGAGCGGAAGAAGATCATAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996629
ATGGAGGAGCGGAAGAAGATCATAATCGACACAGACCCGGGCATTGATGATGCGATGGCAATATTTGTGGCGCTGCAATCACCGGAAGTTGAAGTCATTGGACTCACTACTATTTATGGCAATGTCTACACCACTCTCGCCACCAGAAATGCTTTACACTTGTTGGAGATTGCCGGGAGGACCGATATTCCTGTGGCTGAAGGATCTCATGTGACCATCACTAAAGGTACAAAACTTCGAATTGCTGATTTTGTCCATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777910.1
MEERKKIIIDTDPGIDDAMAIFVALQSPEVEVIGLTTIYGNVYTTLATRNALHLLEIAGRTDIPVAEGSHVTITKGTKLRIADFVHGTDGLGNQNFPPPEGAQIEQSAVEFLTQQVNLYPGKVTVVALGPLTNIALAIESDPEFVKNVGQIILLGGAFSVNGNVNPAAEANIFGDPDAADIVFTSGADILAIGINVTHQVVLTDADRDKLAESSGKFAQYMCKILDVYFGYHHDAYSTKGVYLHDPTTVLAAVDPSLITY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器