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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003518

染色体: Chr08 坐标: 37795872-37796515 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003518
名称SmilChr08G003518
描述2S seed storage albumin protein-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37795872 - 37796515 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996636
GeneID130996636
locus_tag-
NCBI NameLOC130996636
原始查询LOC130996636

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2S seed storage albumin protein-like
产物2S seed storage albumin protein-like
ArabidopsisAT5G54740 (SESA5)
seed storage albumin 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835563]
identity=29.2; qcov=1.04; evalue=4.95e-14; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057777914.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057777914.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777914.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777914.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777914.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37796013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr8:37796112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B105,C35,C82
Chr8:37796379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr8:37796412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr8:37796438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777914.1
164 aa
N
1
82
164
Tryp_alpha_amyl
C
PF00234 Tryp_alpha_amyl 57-157 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777914.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 57 157 1.1e-07 32.6 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921931.1
CACACACCAACGACAAACCCTACTAGCTAATTCCCCTCACTCGATCGATGGCAATGAAGGCGGCACTCGCAGCAGCTCTCCTGGTGGGTCTGGTGGCCCTTGCCAGCGCCAGCAGCTTCACTACCACCGTGACCACCGTGTCCTTCGAAGAGGAGGCCAACCGGCCTGCGAGGCAGCAGTGCAGGCAGCAGCTTCAGGGGCGGGAGTTCCGCTCCTGCCAGCGCTACTTCTCGCAGAGGAGCAGCCCCTACGAGGAGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996636
ATGGCAATGAAGGCGGCACTCGCAGCAGCTCTCCTGGTGGGTCTGGTGGCCCTTGCCAGCGCCAGCAGCTTCACTACCACCGTGACCACCGTGTCCTTCGAAGAGGAGGCCAACCGGCCTGCGAGGCAGCAGTGCAGGCAGCAGCTTCAGGGGCGGGAGTTCCGCTCCTGCCAGCGCTACTTCTCGCAGAGGAGCAGCCCCTACGAGGAGGAGGAGGAAGTCCTCGAGATGAGCACCGACAGAGAGCAGCGCAGCCGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777914.1
MAMKAALAAALLVGLVALASASSFTTTVTTVSFEEEANRPARQQCRQQLQGREFRSCQRYFSQRSSPYEEEEEVLEMSTDREQRSRRHSPQLQECCEQLREMDRYQCGCEAIKHAVQQAQQQQRGSRRYQTGQSESEQIYQKARSLPRMCGLREQQCQFRVVLV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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