Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003830`

染色体: Chr01 坐标: 56631798-56635713 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003830`
名称	SmilChr01G003830
描述	protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56631798 - 56635713 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996658`
GeneID	`130996658`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996658`
原始查询	`LOC130996658`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2
产物	protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2
Arabidopsis	`AT1G06050` (AT1G06050) ENHANCED DISEASE RESISTANCE-like protein (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837114] identity=53.3; qcov=0.984; evalue=1.59e-115; confidence=high
Rice	`Os08g0152600` (OJ1349_D05.117) - identity=57.7; qcov=0.88; evalue=5.62e-116; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07059 (EDR2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996658

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057777942.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057777942.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057777942.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777942.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777942.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56633883`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B74,C45
`Chr1:56633883`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B74,C45
`Chr1:56634002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr1:56634167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:56634210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr1:56634251`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A24
`Chr1:56634251`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A24
`Chr1:56634280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr1:56634421`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C5
`Chr1:56634421`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:56634435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr1:56634528`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777942.1

309 aa

154

309

EDR2_C

PF07059 EDR2_C 34-246 aa

XP_057777949.1

309 aa

154

309

EDR2_C

PF07059 EDR2_C 34-246 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777942.1`	Pfam	`PF07059`	EDR2_C	Domain	34	246	8.5e-68	229.1	Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal
`XP_057777949.1`	Pfam	`PF07059`	EDR2_C	Domain	34	246	8.5e-68	229.1	Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921959.1
TCTGCACATTGCAAATCTATATTAAAAAAAAAAAGAATCTTAATGAGTTTCTTCACCACCTATCTCAAGAATCTTCCTAACATAAGTATTTCTTCTTCTTTTTTCTGTTCATAAACATCTTCTTTCTGCCGGATGCAGTATGGCAATGCTTGAGCAGAAGCAGGAGCGCGAGTGGATTGAGAGAGTGAGATTGGGAGGTGGTGTTCCACTCCTCAAGCCAGACAGTTGGTCGAATGGCTGGGCTTCCCCCCGGGGAGATG...

XM_057921966.1
GATCGATCACTCCTTTTTCACATTATGTTATCTTTTACTTTTTTGACATTTATTTCTTTAATTTTCTTCAGCTGTTTTTCTTCAATAATATGTAACGTATGGCAATGCTTGAGCAGAAGCAGGAGCGCGAGTGGATTGAGAGAGTGAGATTGGGAGGTGGTGTTCCACTCCTCAAGCCAGACAGTTGGTCGAATGGCTGGGCTTCCCCCCGGGGAGATGCATTCATGGTTAGAGGAGCAAACTATCCAACCACAAAGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130996658
ATGGCAATGCTTGAGCAGAAGCAGGAGCGCGAGTGGATTGAGAGAGTGAGATTGGGAGGTGGTGTTCCACTCCTCAAGCCAGACAGTTGGTCGAATGGCTGGGCTTCCCCCCGGGGAGATGCATTCATGGTTAGAGGAGCAAACTATCCAACCACAAAGAAGAAGGTTCCCGGTGGCGAATATCTTCTCGAGCCTCTAGGTTTCGACTGGATCAAAGGGCCGGCCAAGATCGCCGAGGTTCTCTACAACCCTAAAGGCCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777942.1
MAMLEQKQEREWIERVRLGGGVPLLKPDSWSNGWASPRGDAFMVRGANYPTTKKKVPGGEYLLEPLGFDWIKGPAKIAEVLYNPKGRVRRALDGERAKGRSHFVWAFNFQLPTKDNHSIIAYFVATEPSHQDPLIRRFLNGDDGFRDSRLKLITNVAKGPWVVKKGIGEQAISIIGRALKCRYSMGEKLMQVDIDVGSSMAATAIVHLAFGYLTTLTVELAFVIEGRTESELPERILGAVRFSGLDGARALQIESPSQGN...

XP_057777949.1
MAMLEQKQEREWIERVRLGGGVPLLKPDSWSNGWASPRGDAFMVRGANYPTTKKKVPGGEYLLEPLGFDWIKGPAKIAEVLYNPKGRVRRALDGERAKGRSHFVWAFNFQLPTKDNHSIIAYFVATEPSHQDPLIRRFLNGDDGFRDSRLKLITNVAKGPWVVKKGIGEQAISIIGRALKCRYSMGEKLMQVDIDVGSSMAATAIVHLAFGYLTTLTVELAFVIEGRTESELPERILGAVRFSGLDGARALQIESPSQGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器