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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003545

染色体: Chr08 坐标: 38086708-38088663 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003545
名称SmilChr08G003545
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向38086708 - 38088663 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996659
GeneID130996659
locus_tag-
NCBI NameLOC130996659
原始查询LOC130996659

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G11460 (AT3G11460)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820319]
identity=54.8; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0819800
-
identity=41.5; qcov=1.05; evalue=1.05e-142; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996659

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777939.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777939.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777939.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777939.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777939.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:38087050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B123
Chr8:38087056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr8:38087146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:38087175 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C42
Chr8:38087175 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C42
Chr8:38087221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr8:38087446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr8:38087652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr8:38087833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr8:38087834 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C44
Chr8:38087834 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C44
Chr8:38087836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B56,B96,C44,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777939.1
580 aa
N
1
290
580
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 104-128 aa PF01535 PPR 206-232 aa PF13041 PPR_2 232-280 aa PF01535 PPR 234-264 aa PF01535 PPR 307-329 aa PF13041 PPR_2 333-380 aa PF13812 PPR_3 334-379 aa PF01535 PPR 335-365 aa PF01535 PPR 372-397 aa PF01535 PPR 406-431 aa PF20431 E_motif 450-512 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777939.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 104 128 9.6e-46 151.6 PPR repeat
XP_057777939.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 206 232 9.6e-46 151.6 PPR repeat
XP_057777939.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 232 280 1e-51 173.5 PPR repeat family
XP_057777939.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 264 9.6e-46 151.6 PPR repeat
XP_057777939.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 307 329 9.6e-46 151.6 PPR repeat
XP_057777939.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 333 380 1e-51 173.5 PPR repeat family
XP_057777939.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 334 379 2.1e-13 50.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777939.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 335 365 9.6e-46 151.6 PPR repeat
XP_057777939.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 372 397 9.6e-46 151.6 PPR repeat
XP_057777939.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 406 431 9.6e-46 151.6 PPR repeat
XP_057777939.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 450 512 2.4e-19 70.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921956.1
TATTCAAATGCATAGTAAGGTTAGGACTTTCAAATCGTTAGATCTTATGAAATAACAGTACGAATCTAGAGGCAATGATTAGGAATGGGAAAACTCGTCTAAAATTTTGCAAGTAACAAAAAGTTTTTAAGTGTGCGAAAAACTCCGAAAACGACGTCACTCAATGAGTAGGCAGAGCTTGCCTTTATGCTTCAAGACAGCGCGTCCTCTGCAGCCCACTGAGACCTCCTTCTCCGCCGCCGTCGGGACCGGTGGCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996659
ATGAGTAGGCAGAGCTTGCCTTTATGCTTCAAGACAGCGCGTCCTCTGCAGCCCACTGAGACCTCCTTCTCCGCCGCCGTCGGGACCGGTGGCAAATGGAACACGCAACTGCGAGAACTCTCAAAGAATAGGCAATACAACCAAGCCCTGATTCTCTACCGCCAAATGCTGCGCTCCGGCGCCACCCCCAACGCCTTCACCTTCCCCTTCGTTCTCAAGTCCTCAGCCTCGCTGTCCGTCCATCTCTCCGGGAAACAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777939.1
MSRQSLPLCFKTARPLQPTETSFSAAVGTGGKWNTQLRELSKNRQYNQALILYRQMLRSGATPNAFTFPFVLKSSASLSVHLSGKQLHCHVVKAGCLPEPFVQTALMSMYCKFRLFDNAHKVFDEIPESARLTVCYNALLSGLIQRGLSHGLLVFHEMRAKGVPLHAVTILGLVPGCTIPLHLNLGSSLHCLVMKHGFTSHLDVANCFLSMYARCDSIESARRLFDEIPERNLITWNAMISGYSQSGLCTQVLDLFRDMQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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