Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003561`

染色体: Chr08 坐标: 38289754-38293328 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003561`
名称	SmilChr08G003561
描述	HVA22-like protein k
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	38289754 - 38293328 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996673`
GeneID	`130996673`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996673`
原始查询	`LOC130996673`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	HVA22-like protein k
产物	HVA22-like protein k
Arabidopsis	`AT4G36720` (HVA22K) HVA22-like protein K [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829825] identity=62; qcov=0.683; evalue=2.29e-29; confidence=medium
Rice	`Os07g0568400` - identity=62; qcov=0.683; evalue=2.24e-28; confidence=medium
GO	GO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03134 (TB2_DP1_HVA22)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057777955.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057777955.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057777954.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057777954.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057777954.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:38290851`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C12
`Chr8:38290851`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C12
`Chr8:38290999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B99,C16
`Chr8:38290999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C16
`Chr8:38291698`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B44,C39,C41
`Chr8:38291698`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B44,C39,C41
`Chr8:38291755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,D11
`Chr8:38292542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,D5
`Chr8:38292543`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C35
`Chr8:38292544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B67
`Chr8:38292547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B134,B41,B71
`Chr8:38292587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777955.1

104 aa

104

TB2_DP1_HVA22

PF03134 TB2_DP1_HVA22 58-101 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777955.1`	Pfam	`PF03134`	TB2_DP1_HVA22	Family	58	101	1.4e-10	41.6	TB2/DP1, HVA22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921971.1
CCGTTATGTATGAGCGCATTTTTTGAAAAGATAACGGTTTTGACAAAAAACCGTTATCTATGTACTGTTGTCCATTGAAATAGATAACGGTTTTAGTGAATCCGTTATGTATGAGCGTTATCTATTAATTGCATACATAACGGTATTATCGAACCGTTAAGCCGACCGTTATCTATGAGCGTCTTTTTATAACGGTTGTTTTAACCGTTATATATGAGCGCCTCAACACTGTTATGTATGAGTATTCTTTACATTTATCT...

XM_057921972.1
TATGTATGAGCGCATTTTTTGAAAAGATAACGGTTTTGACAAAAAACCGTTATCTATGTACTGTTGTCCATTGAAATAGATAACGGTTTTAGTGAATCCGTTATGTATGAGCGTTATCTATTAATTGCATACATAACGGTATTATCGAACCGTTAAGCCGACCGTTATCTATGAGCGTCTTTTTATAACGGTTGTTTTAACCGTTATATATGAGCGCCTCAACACTGTTATGTATGAGTATTCTTTACATTTATCTTTTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130996673
ATGCCCAGTCCCGTCGTTTCCTGCGCCACTTCGGAGCTCCGATGCTCAGCCCTTTCTCGTATCCCCGCCTCCGACGCGGGTAGCCTTCAGGTCAGGCTGCGGTTACTTCTTTGTCCATTTGGTTCCAATATTGTAGTTCGTACAGCATGCTGTTCGGTGGGGGTTGTCTTACCTGTTTATTCTACATTCAAGGCCATTGAGACGAAGGATCAAGATGACCAACACAAATGGCTTGTATGCTGGGCTGGTTCATTCCTTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777954.1
MPSPVVSCATSELRCSALSRIPASDAGSLQVRLRLLLCPFGSNIVVRTACCSVGVVLPVYSTFKAIETKDQDDQHKWLVCWAGSFLLSESIGNCSRTGGLSISLAGSDGRVLGGGVFGMLKAGFDRKFLFISNFVIFLTVKNRKRIIALVMCIGMTPCSTVIASGFPTI

XP_057777955.1
MPSPVVSCATSELRCSALSRIPASDAGSLQVRLRLLLCPFGSNIVVRTACCSVGVVLPVYSTFKAIETKDQDDQHKWLVCWAAYGSFIVAEIFTDKLLYWADLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器