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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003564

染色体: Chr08 坐标: 38332751-38338997 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003564
名称SmilChr08G003564
描述kinesin-like protein KIN-5C
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向38332751 - 38338997 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996676
GeneID130996676
locus_tag-
NCBI NameLOC130996676
原始查询LOC130996676

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-5C
产物kinesin-like protein KIN-5C
ArabidopsisAT2G36200 (AT2G36200)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818192]
identity=69.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0117798 (KIN5A)
-
identity=46.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0008574 (plus-end-directed microtubule motor activity)
KEGGsmil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057777957.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057777957.1
3 Spindle pole Spindle pole 1.00000 XP_057777957.1
4 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057777957.1
5 Centrosome 中心体 0.60000 XP_057777957.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:38333834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B96,C26,C57,C69
Chr8:38333939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr8:38333991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B39,B62,C35,C38,C72
Chr8:38334817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A3,C48
Chr8:38335485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:38335684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr8:38335772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr8:38335844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr8:38336206 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 28 A11,A19,A21,A7,B103,B104,B110,B140,B29,B44,B52,B54,B67,B76,B84,B90,C19,C23,C24,C28,C30,C32,C46,C47,C67,C71,C75,C78
Chr8:38336209 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 28 A11,A19,A21,A7,B103,B104,B110,B140,B29,B44,B52,B54,B67,B76,B84,B90,C19,C23,C24,C28,C30,C32,C46,C47,C67,C71,C75,C78
Chr8:38336552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B105,B37,C2,C41
Chr8:38336587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B1,B89,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777957.1
1006 aa
N
1
503
1006
Microtub_bd
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 12-164 aa PF00225 Kinesin 18-357 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777957.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 12 164 1.9e-25 90.3 Microtubule binding
XP_057777957.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 18 357 4.9e-115 384.7 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921974.1
AGGCTCCTCAAAATTTTAAAATTCTTCCATGATCCCGCTCTTCTTTCCTACTACTATTTCTTAATCACTCTCTCAATGTTAGTGGGGGAGATCTGATTCTTCTCCCGTCCCGACATCCTCTTTTTCTCTCACAAATACATACTCCCCTAACATGTCGATTCGTCAGGAGAAAGAGAAGGGAGTAAATGTGCAGGTCCTCTTGCGTTGCAGGCCGTTCAGCGACGACGAGTTGCGAAACAATGCTCCGCAGGTCGTCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996676
ATGTCGATTCGTCAGGAGAAAGAGAAGGGAGTAAATGTGCAGGTCCTCTTGCGTTGCAGGCCGTTCAGCGACGACGAGTTGCGAAACAATGCTCCGCAGGTCGTCTCCTGCAATGATTACCAGAGAGAGGTGTCGGTTTCACAGAACATCGCCGGAAAGCATATTGATAGAGTCTTTACATTTGATAAGGTCTTTGGTCCTAATGCCCAACAAAAGGATCTTTATGAGCAAGCAGTTATCCCAATAGTGAATGAAGTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777957.1
MSIRQEKEKGVNVQVLLRCRPFSDDELRNNAPQVVSCNDYQREVSVSQNIAGKHIDRVFTFDKVFGPNAQQKDLYEQAVIPIVNEVLEGFNCTIFAYGQTGTGKTYTMEGECKRSKGSGELPQGAGVIPRAVKQIFDTLEGQNAEYSVKVTFLELYNEEITDLLAHDDLSKVALEDKQKKQLPLMEDGKGGVLVRGLEEEIVANTSEIFSLLERGSAKRRTAETLLNKQSSRSHSLFSITIHIKEATPEGEELIKCGKLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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