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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003788`

染色体: Chr01 坐标: 56263367-56266635 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003788`
名称	SmilChr01G003788
描述	60S ribosomal protein L5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56263367 - 56266635 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996683`
GeneID	`130996683`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996683`
原始查询	`LOC130996683`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L5-like
产物	60S ribosomal protein L5-like
Arabidopsis	`AT5G39740` (RPL5B) ribosomal protein L5 B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833970] identity=80; qcov=0.957; evalue=1.2e-132; confidence=high
Rice	`Os01g0896700` (RPL5B) - identity=76.4; qcov=0.957; evalue=1.89e-129; confidence=high
GO	GO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0008097 (5S rRNA binding); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF14204 (Ribosomal_L18_c); PF17144 (Ribosomal_L5e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057777969.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057777971.1`
3	Nucleolus	核仁	0.40000	`XP_057777969.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057777969.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777969.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56263618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A5,B124,C61,C78
`Chr1:56264851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr1:56265760`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B62,C60,D10
`Chr1:56265763`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B62,C60,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777969.1

302 aa

151

302

Ribosomal_L5e

Ribosomal_L18_c

PF17144 Ribosomal_L5e 14-175 aa PF14204 Ribosomal_L18_c 235-289 aa

XP_057777971.1

230 aa

115

230

Ribosomal_L5e

Ribosomal_L18_c

PF17144 Ribosomal_L5e 1-103 aa PF14204 Ribosomal_L18_c 163-217 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777969.1`	Pfam	`PF17144`	Ribosomal_L5e	Family	14	175	4.9e-82	274.6	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
`XP_057777969.1`	Pfam	`PF14204`	Ribosomal_L18_c	Domain	235	289	3.2e-19	70.1	Ribosomal L18 C-terminal region
`XP_057777971.1`	Pfam	`PF17144`	Ribosomal_L5e	Family	1	103	5.5e-45	154.1	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
`XP_057777971.1`	Pfam	`PF14204`	Ribosomal_L18_c	Domain	163	217	1.3e-19	71.3	Ribosomal L18 C-terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921986.1
TTAAAATTTTAAAAAATGCTAAATGTCATCCGCCGTTTTGAGAAGGGTATATTCGTAATTTTAATGGGAATTGAGTTTCTAGGGTTTTGGTATAAGTAATTATCTTGAACATCTGCTATCGTCACTGGCACTGCGCAGCTCCAGTCCAACTTCAACAATGGTTTTTATCAAAGCACAGAAGTCAAGGGCATACTTTAAGCGGTTCCAGGTCAAATTTAAGAGAAGGAGAGAGGGGAAGACAGATTACAGGGCTAGGATTC...

XM_057921988.1
GTTTCCGTGAATTATTAGGTTTTTATCAAAGCACAGAAGTCAAGGGCATACTTTAAGCGGTTCCAGGTCAAATTTAAGAGAAGGAGAGAGGGGAAGACAGATTACAGGGCTAGGATTCGTCTAATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAATACTCCAAAGTACAGATTTGTTGTGCGATTTTCCAACAAGGATATTGTTGCACAAATAATATCGGCTAGTATTACTGGAGATATGGTTCTCGCTACAGCGTATGCCCATGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130996683
ATGGTTTTTATCAAAGCACAGAAGTCAAGGGCATACTTTAAGCGGTTCCAGGTCAAATTTAAGAGAAGGAGAGAGGGGAAGACAGATTACAGGGCTAGGATTCGTCTAATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAATACTCCAAAGTACAGATTTGTTGTGCGATTTTCCAACAAGGATATTGTTGCACAAATAATATCGGCTAGTATTACTGGAGATATGGTTCTCGCTACAGCGTATGCCCATGAATTGCCTCAATTTGG...

LOC130996683
ATGGTTCTCGCTACAGCGTATGCCCATGAATTGCCTCAATTTGGACTTCAAGTTGGTCTGACAAATTATGCTGCAGCCTATTGCACTGGGCTTCTTCTGGCTCGCCGTGCCCTTAAAAAGCTTGAGATGGATGATGACTATGAAGGCAATACAGAGGCTACTGGAGAGGATTATTCAGTTGAACCATCAGATACACGAAGGCCTTTCCGTTGTCTGCTTGATGTTGGTCTACTTAGAACAACTACCGGAAATCGTATTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777969.1
MVFIKAQKSRAYFKRFQVKFKRRREGKTDYRARIRLINQDKNKYNTPKYRFVVRFSNKDIVAQIISASITGDMVLATAYAHELPQFGLQVGLTNYAAAYCTGLLLARRALKKLEMDDDYEGNTEATGEDYSVEPSDTRRPFRCLLDVGLLRTTTGNRIFGALKGALDGGLDIPHSDKRFAGFSKDSKQLDAEIHRKYIYGGHVSSYMTTLMEDEPEKFQSHFSKYIKNGLEADGLEELYKKVHAAIRADPTMKKSEKQQP...

XP_057777971.1
MVLATAYAHELPQFGLQVGLTNYAAAYCTGLLLARRALKKLEMDDDYEGNTEATGEDYSVEPSDTRRPFRCLLDVGLLRTTTGNRIFGALKGALDGGLDIPHSDKRFAGFSKDSKQLDAEIHRKYIYGGHVSSYMTTLMEDEPEKFQSHFSKYIKNGLEADGLEELYKKVHAAIRADPTMKKSEKQQPKKHKRYNLKKLTYEERKAKLIERLNALNAAAGVDEDDEEDDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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