Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003829`

染色体: Chr01 坐标: 56631758-56633259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003829`
名称	SmilChr01G003829
描述	RHOMBOID-like protein 13
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	56631758 - 56633259 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996735`
GeneID	`130996735`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996735`
原始查询	`LOC130996735`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RHOMBOID-like protein 13
产物	RHOMBOID-like protein 13
Arabidopsis	`AT3G59520` (RBL13) RHOMBOID-like protein 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825121] identity=80.9; qcov=0.97; evalue=9.99e-159; confidence=high
Rice	`Os01g0895500` (OsRhmbd5) - identity=77.3; qcov=0.996; evalue=9.28e-146; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01694 (Rhomboid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996735

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057778011.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057778011.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057778011.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778011.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778011.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:56632308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr1:56632382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr1:56632851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B4,C28,C53,C9
`Chr1:56632930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr1:56632953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778011.1

270 aa

135

270

Rhomboid

PF01694 Rhomboid 49-200 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778011.1`	Pfam	`PF01694`	Rhomboid	Domain	49	200	7.5e-24	85.3	Rhomboid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922028.1
TAGAAACCCCTAGTACTTCCCAGTTGCCCTTAATTTCTTCAAATTAGGGATACTCTTTCCTTCTCAATCTGTAACTACTTTCTTCTCTACTCATACTATCCAACTTTAATTCGGGAATTTTCCCAATCACACCATTCGATTGTTAATTCTTTGATTTATGAGGAATCACGTCTAAGCTATACATTTACATTCGAGGATCGAGGTTCTGCTTGATTCGACTCTACTCGAATTTTCGGTGAGATTGAACTTCAATTATTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996735
ATGGGGAAACCCTTAATTTATGAGATTTGGGAAAAGCCAGCAACGAGTTGTATAATTGGGATATGCAGTTTGATTTGGTTCTATATTCAGAAAAAGGGGATTGGGTATTCACATGTGGGGTTGAGCTACGACACTGCATTGGAGGGCCATTATTGGCGGATAATCACATCTGCATTTTCACATATTAGCATCCTTCATCTTGTTTTCAATATGAGTGCACTTTGGAGTCTTGGGGTTATAGAACAGTTAGGGCATTTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778011.1
MGKPLIYEIWEKPATSCIIGICSLIWFYIQKKGIGYSHVGLSYDTALEGHYWRIITSAFSHISILHLVFNMSALWSLGVIEQLGHLGLGVEYYLHYTMLLVVLSGLLVLGMYHILIQKFKIDYFRRVTAVGYSCVVFGWMTILSTKQPSSKLELFGFLSLPISFAPFESLIFTSIIVPQASFIGHLSGIIIGYAIAWGLIHGMNNYWAVSMLGWIVLVFIFSLKKSGTYNFSFLEIESVEDSSLPSVRFLSSGNGRTLQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器