Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003657`

染色体: Chr08 坐标: 40284699-40299764 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003657`
名称	SmilChr08G003657
描述	protein virilizer homolog
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	40284699 - 40299764 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996753`
GeneID	`130996753`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996753`
原始查询	`LOC130996753`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein virilizer homolog
产物	protein virilizer homolog
Arabidopsis	`AT3G05680` (EMB2016) embryo defective 2016 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819736] identity=48.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0554900` - identity=44.3; qcov=0.15; evalue=1.5e-54; confidence=weak
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0036396 (RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex); GO:0080009 (GO:0080009)
KEGG	-
Pfam	PF15912 (VIR_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778023.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057778023.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057778023.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778023.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778023.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:40288034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr8:40288195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C20
`Chr8:40289066`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr8:40291814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,A3,B121,C48,C6
`Chr8:40292835`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr8:40293327`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,C14
`Chr8:40294415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr8:40295387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:40295409`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr8:40295440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr8:40297222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr8:40297368`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778023.1

2180 aa

1090

2180

VIR_N

PF15912 VIR_N 8-121 aa

XP_057778024.1

2143 aa

1072

2143

VIR_N

PF15912 VIR_N 8-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778023.1`	Pfam	`PF15912`	VIR_N	Family	8	121	1e-07	32.4	Virilizer, N-terminal
`XP_057778024.1`	Pfam	`PF15912`	VIR_N	Family	8	121	9.9e-08	32.4	Virilizer, N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922040.1
CTTATTTCTTTTCCGTGTCTAAAATTTTGACAACAAATCTTAATTAGCCAACGTTCCTTGCTCTGCAACAAAAGCACTAAAGCCCTAAAAAGAGGGGTTTGCTCTTTACCGGCGCAGGCTGTCTCAATTCGGCCGGGCAGAGTTAGCAATGGGTCGTCCCGACCCCGGCGTGCTCTACGCCCACACATTCGTTCACCCCCATCTCGATGAATACGTCGATGAGGTGATATTTTCGGAGCCAGTAATCATCTCTGCATGTG...

XM_057922041.1
CTTATTTCTTTTCCGTGTCTAAAATTTTGACAACAAATCTTAATTAGCCAACGTTCCTTGCTCTGCAACAAAAGCACTAAAGCCCTAAAAAGAGGGGTTTGCTCTTTACCGGCGCAGGCTGTCTCAATTCGGCCGGGCAGAGTTAGCAATGGGTCGTCCCGACCCCGGCGTGCTCTACGCCCACACATTCGTTCACCCCCATCTCGATGAATACGTCGATGAGGTGATATTTTCGGAGCCAGTAATCATCTCTGCATGTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130996753
ATGGGTCGTCCCGACCCCGGCGTGCTCTACGCCCACACATTCGTTCACCCCCATCTCGATGAATACGTCGATGAGGTGATATTTTCGGAGCCAGTAATCATCTCTGCATGTGAGTTCCTTGAGCAGAATGCTTCATCAATTTGCCCTGCAGTGAAGCTTATGGGGGCTACTTCACCCCCATCATTTGCTTTGGAGGTTTTTGTTCAGTGTGAAGGAGAGGCAAGATTTAGGCGGTTATGCCTTCCTTGTTTGTATTCACA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057778023.1
MGRPDPGVLYAHTFVHPHLDEYVDEVIFSEPVIISACEFLEQNASSICPAVKLMGATSPPSFALEVFVQCEGEARFRRLCLPCLYSHSSSTVLDVEAVVTNHLVVRGSYRSLSMVIYGNTAEDLGQFNIEVDLDSSLTDTVSTVEGNLQDLPPAFHSTMLTIEELVSPLKILSQAAVKSDIPLELRKFLLLVFKILDSENVGLAADNVISTLLSVTSTYRMTCSSHNNTEQTQLGFDGVRSGGDTYQTLIEAEKELLDLY...

XP_057778024.1
MGRPDPGVLYAHTFVHPHLDEYVDEVIFSEPVIISACEFLEQNASSICPAVKLMGATSPPSFALEVFVQCEGEARFRRLCLPCLYSHSSSTVLDVEAVVTNHLVVRGSYRSLSMVIYGNTAEDLGQFNIEVDLDSSLTDTVSTVEGNLQDLPPAFHSTMLTIEELVSPLKILSQAAVKSDIPLELRKFLLLVFKILDSENVGLAADNVISTLLSVTSTYRMTCSSHNNTEQTQLGFDGVRSGGDTYQTLIEAEKELLDLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器