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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003663`

染色体: Chr08 坐标: 40406508-40408204 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003663`
名称	SmilChr08G003663
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB23-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	40406508 - 40408204 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996760`
GeneID	`130996760`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996760`
原始查询	`LOC130996760`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB23-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase PUB23-like
Arabidopsis	`AT2G35930` (PUB23) plant U-box 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818166] identity=55.1; qcov=1; evalue=1.33e-161; confidence=high
Rice	`Os04g0686000` (OsPUB32) - identity=49; qcov=0.995; evalue=1.11e-119; confidence=high
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04564 (U-box); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778029.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057778029.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057778029.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778029.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778029.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:40406938`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B51,C35
`Chr8:40406977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:40407102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B22,B27,D4,D6
`Chr8:40407168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B53
`Chr8:40407271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr8:40407647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B17,C13
`Chr8:40407673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C11,C63,C69
`Chr8:40407722`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	B42,B43,B53,B55,B57,B75,B79,B81,C1,C22,C31,C5,C67,C76,C81,C86
`Chr8:40407765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr8:40407768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C60
`Chr8:40407822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B8,C52,C80,D4
`Chr8:40407923`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778029.1

398 aa

199

398

U-box

ARM_PUB

PF04564 U-box 6-77 aa PF25598 ARM_PUB 110-390 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778029.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	6	77	7.8e-22	77.9	U-box domain
`XP_057778029.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	110	390	2.4e-80	271.0	Plant U-box protein ARM repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922046.1
CTACAAAAGTCTCAGTCCAAATTATTAAATCAACCTTCATATCATATTATAATCACACAAACTCAACTTTCCGTGTTTTGACTCTGAAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTCACACGCATATATAATAAGCATATCCCAACCTCCAGCTCAGAAATCATCGATCAAACCACTACTCTTTCTTCTCCAACTCAGCTAATTAATCATCAATGGCGGAAATCGAAGTCCCCTCGTATTTTCTGTGCCCCATTTCGCTGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996760
ATGGCGGAAATCGAAGTCCCCTCGTATTTTCTGTGCCCCATTTCGCTGGAGATCATGAAGGACCCCGTCACCATCTCCACCGGCATAACCTTCGACAGAGACAGCATCGAGAAATGGATATTCTCCTACAAGAACCGCACCTGCCCCCTCACAAAGCAGCCCCTCTCCGACGCCGACCTCACCCCCAACGTCACCCTCCGCCGCCTCATCCAGTCCTGGTGCACCCTCCACGCCTCCCACGGCGTTGAGCGCCTCCCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778029.1
MAEIEVPSYFLCPISLEIMKDPVTISTGITFDRDSIEKWIFSYKNRTCPLTKQPLSDADLTPNVTLRRLIQSWCTLHASHGVERLPTPKPPVTKPQLLSLLAGAGATPQTQIKCLHRLRSIASTNQTNRICMEKSGAADFLAALVVGASGETSGEALSILHSLQLSESSLKTLASRPEFVNCLTRFMQSSSYESRAYAVMMLKSMAEVADDPAHLFSSNPQILIELIQILKDQICKKATKAALKVLIAICAWGRNKIKAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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