当前解析结果
SmilChr08G003832| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003832 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003832 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003832 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 44659884 - 44661569 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996775 |
|---|---|
| GeneID | 130996775 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996775 |
| 原始查询 | LOC130996775 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsLIS-L1; symbol=OsLIS-L1; hit=Os08g0162100; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | OsLIS-L1; symbol=OsLIS-L1; hit=Os08g0162100; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0162100 (OsLIS-L1)- identity=65.2; qcov=0.234; evalue=2.79e-12; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996775 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057778061.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057778061.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057778061.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778061.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778061.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:44659996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C58 |
Chr8:44660214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B101,C32,D6 |
Chr8:44660245 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,C17,C5,C76 |
Chr8:44660266 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B28,C37,C46 |
Chr8:44660269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,C36 |
Chr8:44660291 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 75 | A20,A22,A4,A6,B10,B101,B102,B103,B105,B109,B11,B110,B112,B121,B123,B131,B132,B133,B14,B15,B21,B26,B30,B36,B39,B4,B44,B45,B49,B52,B57,B58,B59,B6,B61,B68,B75,B76,B77,B83,B85,B86,B89,B91,B93,C10,C11,C13,C19,C21,C35,C36,C38,C4,C41,C43,C5,C52,C53,C54,C58,C6,C61,C63,C68,C69,C7,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C87,C9 |
Chr8:44660309 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 116 | A1,A10,A14,A16,A18,A19,A2,A21,A24,A4,A5,A6,A7,A9,B100,B107,B109,B110,B111,B112,B113,B117,B119,B122,B126,B127,B130,B131,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B15,B17,B19,B24,B25,B28,B29,B32,B34,B35,B39,B50,B51,B53,B55,B57,B58,B60,B64,B66,B70,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B91,B92,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C15,C16,C17,C18,C19,C23,C25,C29,C31,C33,C35,C38,C39,C40,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C54,C55,C58,C64,C65,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C80,C84,C9,D5 |
Chr8:44660432 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,C9,D2 |
Chr8:44660455 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B34,C4,C5 |
Chr8:44660650 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,B26,C81 |
Chr8:44660664 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr8:44660694 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | A20,B112,B25,B31,B47,B8,C1,C20,C57,C8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。