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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003913

染色体: Chr08 坐标: 46558442-46559565 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003913
名称SmilChr08G003913
描述uncharacterized SmilChr08G003913
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向46558442 - 46559565 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996833
GeneID130996833
locus_tag-
NCBI NameLOC130996833
原始查询LOC130996833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818374]; symbol=SOUL-1; hit=AT2G37970; species=arabidopsis; confidence=high
产物SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818374]; symbol=SOUL-1; hit=AT2G37970; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G37970 (SOUL-1)
SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818374]
identity=66.2; qcov=0.939; evalue=2.19e-98; confidence=high
RiceOs01g0850900
-
identity=63.9; qcov=0.939; evalue=7.42e-95; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04832 (SOUL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778086.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057778086.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778086.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778086.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778086.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:46558649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:46558700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr8:46558723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B53,C10,C83
Chr8:46558747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr8:46558776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B36,B94,C10,C79
Chr8:46558855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:46559234 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 52 A10,A18,A2,A22,A4,A5,B10,B101,B110,B117,B124,B135,B136,B17,B21,B25,B33,B35,B38,B39,B40,B58,B59,B62,B66,B70,B81,B82,B84,B89,B99,C1,C12,C23,C27,C3,C32,C35,C48,C52,C55,C58,C64,C66,C68,C74,C76,C84,C87,D3,D5,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778086.1
230 aa
N
1
115
230
SOUL
SOUL
C
PF04832 SOUL 43-118 aa PF04832 SOUL 117-228 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778086.1 Pfam PF04832 SOUL Family 43 118 6.2e-47 160.5 SOUL heme-binding protein
XP_057778086.1 Pfam PF04832 SOUL Family 117 228 6.2e-47 160.5 SOUL heme-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922103.1
AAAACTTTGTGTATTTTATTTTAAATTTCAAAGGTTACGTACAAAATTAGAATTTGTCCAAACTTGGTGTATTTTTCCCTTTAAAAAAATATTGATAGATGAGCTAACAAAAATGATAAAAAAAAAAAAAAATACACTTATGATGTCGTGTGCCATATCTAGAGAAATGAAAAGTTGGAAGGAGACAAATTTCATTCTGACATTGTTGAAGAGGTACGTGGTAGACTGGAAAAATCGTGGCGTTACAGAATCCACAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996833
ATGCAAACCCTAATTCGTTCGAATCTCACCAACAATTTATCTCTACATCTCCATCCAATCACTCGATTACCCTTTCAATTCTCCAGAAACCTGTCCACAATGGGGATGATATTAGGCAAAATCAGTGTCGAAACTCCGAAATACGAGGTAATCGCCGCCGCGGACGACTACGAAATCCGAAAATACCCGCCGTCGGTGGTGGCCGAGGTCACCTACGACCCCGCGCAGTTCAATTCCGACAAGGACGGCGGCTTCACGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778086.1
MQTLIRSNLTNNLSLHLHPITRLPFQFSRNLSTMGMILGKISVETPKYEVIAAADDYEIRKYPPSVVAEVTYDPAQFNSDKDGGFTILANYIGALGNPQNTKPEKIAMTAPVITKTSSEKIAMTAPVVTKGGGELVTMGFILPSKYVRAEEAPRPVDERVVIREEGEKKYGVVKFSGVARDGVVAEKVEGLRNCLERDGYKVVGDFVLARYNPPWTLPPCRTNEVMIPVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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