Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003923`

染色体: Chr08 坐标: 46722821-46723388 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003923`
名称	SmilChr08G003923
描述	subtilisin inhibitor CLSI-I-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	46722821 - 46723388 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996841`
GeneID	`130996841`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996841`
原始查询	`LOC130996841`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	subtilisin inhibitor CLSI-I-like
产物	subtilisin inhibitor CLSI-I-like
Arabidopsis	`AT2G38870` (AT2G38870) Serine protease inhibitor, potato inhibitor I-type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818471] identity=42.4; qcov=0.776; evalue=1.81e-09; confidence=low
Rice	`Os12g0548401` - identity=48.4; qcov=0.753; evalue=4.29e-12; confidence=low
GO	GO:0004867 (serine-type endopeptidase inhibitor activity); GO:0009611 (response to wounding)
KEGG	-
Pfam	PF00280 (potato_inhibit)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778092.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778092.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778092.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778092.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778092.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:46722937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr8:46722994`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C77
`Chr8:46723059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778092.1

85 aa

potato_inhibit

PF00280 potato_inhibit 19-85 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778092.1`	Pfam	`PF00280`	potato_inhibit	Domain	19	85	1.8e-23	83.4	Potato inhibitor I family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922109.1
TATTTAAAGAAAACACTGACCTCGTTTACTACTATATATACTACTACTATTCTCTACAATAAATATTGAGAAATCTTGTGATAAGATCGTTCATTCCTAGCTGAGAGCTAATGGCTGAGAAACACAACCAACCAAAAGAGGCTCCTCAAGGAGAATCCGGAAATCAACCGGGAAAAACAGCATGGCCAGAAGTCGTTGGGCTCACCACTGAAGTAGCAGAAAAGAAGATAAAGGAAGAGGTCGCCACCGGCACACAAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996841
ATGGCTGAGAAACACAACCAACCAAAAGAGGCTCCTCAAGGAGAATCCGGAAATCAACCGGGAAAAACAGCATGGCCAGAAGTCGTTGGGCTCACCACTGAAGTAGCAGAAAAGAAGATAAAGGAAGAGGTCGCCACCGGCACACAAGTCCACGTGGTGCCTTCCGATTCGTTTGTGACAATGGATTTTCGCACGGATCGGGTTCGGATCTTCATCGATTCCTCCGGCAAAGTTGTTAGACCACCAAAGATTGGTTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778092.1
MAEKHNQPKEAPQGESGNQPGKTAWPEVVGLTTEVAEKKIKEEVATGTQVHVVPSDSFVTMDFRTDRVRIFIDSSGKVVRPPKIG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器