Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003931`

染色体: Chr08 坐标: 46950682-46953776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003931`
名称	SmilChr08G003931
描述	amino acid transporter AVT1E-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	46950682 - 46953776 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996849`
GeneID	`130996849`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996849`
原始查询	`LOC130996849`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	amino acid transporter AVT1E-like
产物	amino acid transporter AVT1E-like
Arabidopsis	`AT5G02170` (AT5G02170) Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831896] identity=51.3; qcov=1.02; evalue=1.56e-161; confidence=high
Rice	`Os02g0101000` (OsATL11) - identity=48.2; qcov=1.05; evalue=3.35e-161; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	smil04082 (Neuroactive ligand signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01490 (Aa_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057778094.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057778094.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057778095.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778094.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778094.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:46951542`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B68,C52
`Chr8:46951682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B76,B8,B97,C51,C57
`Chr8:46952521`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B137,B88
`Chr8:46952521`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B137,B88
`Chr8:46952537`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr8:46953033`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:46953086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778094.1

533 aa

266

533

Aa_trans

PF01490 Aa_trans 148-527 aa

XP_057778095.1

489 aa

244

489

Aa_trans

PF01490 Aa_trans 148-370 aa

XP_057778097.1

466 aa

233

466

Aa_trans

PF01490 Aa_trans 81-460 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778094.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	148	527	8.9e-68	229.5	Transmembrane amino acid transporter protein
`XP_057778095.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	148	370	9.1e-40	137.3	Transmembrane amino acid transporter protein
`XP_057778097.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	81	460	5.7e-68	230.2	Transmembrane amino acid transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922111.1
GTGAAAATAGTTTTTTTATTAGTTCAAAATAATTCTTTCTCATAGTTCTCCTACAACTCAGGCGTCGTCCCCTTGTGGAAAAGAAGAATGAAAATCAATCCTAATTTAGTTTAAAATTTTCAAGAAAAAAGAAATCTTCCTTCAAAACCTCAGAGTTAATTTAAGGTGTTTGGTTCACGTGTTAGAATTCTGCGAACGACAAAACACATCGTCGATCGACTAGGAATATTTGGAGAGGAGTTGATACAGTCATCATGAAG...

XM_057922112.1
TTTATTAGTTCAAAATAATTCTTTCTCATAGTTCTCCTACAACTCAGGCGTCGTCCCCTTGTGGAAAAGAAGAATGAAAATCAATCCTAATTTAGTTTAAAATTTTCAAGAAAAAAGAAATCTTCCTTCAAAACCTCAGAGTTAATTTAAGGTGTTTGGTTCACGTGTTAGAATTCTGCGAACGACAAAACACATCGTCGATCGACTAGGAATATTTGGAGAGGAGTTGATACAGTCATCATGAAGCAGCTCGAAGAAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130996849
ATGAAGCAGCTCGAAGAAGAATTCGGAATGGATCGCGCGATTGAGATTGAAACAGACGACGAAGATGACGAGGCTGAGAGGGTTTGCCATGACAATGAAGACGACAACGAATCCGACATCACCGGCCTATCACGAGTCCCTTCCTATGATCTCATGGATCCTGATCCTGCCCCCTCTTGGCCTCAAAGTTACAGGCAGTCAATGGACATGTACACGAGCGTGACACCATCAGTCAGCTTCATCAGAGGCAGCTCTTTCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057778094.1
MKQLEEEFGMDRAIEIETDDEDDEAERVCHDNEDDNESDITGLSRVPSYDLMDPDPAPSWPQSYRQSMDMYTSVTPSVSFIRGSSFLVQADKRSQAPDIESPLTKPFLSATNSDREIVPTSIPPIKLSSVSVFGASISELPPPLQQCSYAQSLLNATNALCGIGILSTPYALKEGGWFGLLLLFMFGIIACYTGILLKRCLESSSQLQTYPDIGQAAFGLGGRICIAVILYIELYSSCVEFLIMMSDNLSATFPNAQVHI...

XP_057778095.1
MKQLEEEFGMDRAIEIETDDEDDEAERVCHDNEDDNESDITGLSRVPSYDLMDPDPAPSWPQSYRQSMDMYTSVTPSVSFIRGSSFLVQADKRSQAPDIESPLTKPFLSATNSDREIVPTSIPPIKLSSVSVFGASISELPPPLQQCSYAQSLLNATNALCGIGILSTPYALKEGGWFGLLLLFMFGIIACYTGILLKRCLESSSQLQTYPDIGQAAFGLGGRICIAVILYIELYSSCVEFLIMMSDNLSATFPNAQVHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器