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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003980`

染色体: Chr08 坐标: 47881316-47887728 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003980`
名称	SmilChr08G003980
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RFI2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	47881316 - 47887728 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996869`
GeneID	`130996869`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996869`
原始查询	`LOC130996869`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RFI2-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RFI2-like
Arabidopsis	`AT3G05545` (AT3G05545) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819720] identity=46.7; qcov=1.05; evalue=1.73e-93; confidence=high
Rice	`Os05g0154600` (APIP6) - identity=39.5; qcov=0.899; evalue=5.41e-70; confidence=medium
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778121.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057778121.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057778121.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778121.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778121.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:47881639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr8:47882418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr8:47882524`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr8:47884271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr8:47884289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr8:47884292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr8:47885841`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr8:47887319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr8:47887328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr8:47887381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778121.1

417 aa

208

417

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

PF13639 zf-RING_2 23-69 aa PF17123 zf-RING_11 24-53 aa PF13445 zf-RING_UBOX 24-66 aa PF00097 zf-C3HC4 24-68 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778121.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	23	69	2e-08	35.1	Ring finger domain
`XP_057778121.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	24	53	6.7e-07	29.6	RING-like zinc finger
`XP_057778121.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	24	66	5.5e-06	27.0	RING-type zinc-finger
`XP_057778121.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	24	68	1.6e-06	28.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922138.1
CAAAAATTTAAGTTTTTAAGACAAACCAAAACAATGCTCTCTCTCATCAAAACAATGTAAGAAAAGAAAATCTTTAATTCTAACGCGAAATATTAGGAAAATTGATAGAAAAGAAAAAGAAAGCCGGTTGACACTTTTTTCTGTCTTTCCTCTTTCTCTCTACTTCTCCAACTCCCGTCCTAGCTCCCCTCATTTTGTGCCTCAAATTCCTTCAATCGTTTTCACGTCAATTTTCCAGGCCTTTAATTCAATTCGGACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996869
ATGGGATTGGGAGATGCGGATCTTCTCGACGACGGAGATGGAGGAGGATGCAAAGCGGCGGCCATATCGTGCTCAATTTGCTTGGAGGTTGTCACCGACAATGGAGATAGATCTTGGGCTAAGCTTCAATGCGGCCATCAATTTCACCTAGATTGCATTGGTTCAGCATTCAATATCAAGGGAGCTATGCAGTGCCCCAACTGTCGGAAAATTGAGAAAGGACAATGGCTATATGCAAATGGTAGTCGTCCACTACCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778121.1
MGLGDADLLDDGDGGGCKAAAISCSICLEVVTDNGDRSWAKLQCGHQFHLDCIGSAFNIKGAMQCPNCRKIEKGQWLYANGSRPLPEFSMDDWTHDEDLYDLSYSEMSFGVHWCPFSGLTRLPSSFDEGEFSSSTYHDLLGHHAVFAEHTPVSSTTHPCPYIAYFGPIHPSSTTSSTSVSDGSNYSNHWTGPSVPSEVPNSYAFPSMDVHYHNWDHSSQFAPSNRIGGADQPLITPMAQRTARNSSDIPRAGMHPPFILG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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