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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003979

染色体: Chr08 坐标: 47873544-47881074 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003979
名称SmilChr08G003979
描述serine/arginine-rich splicing factor SR30-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向47873544 - 47881074 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996870
GeneID130996870
locus_tag-
NCBI NameLOC130996870
原始查询LOC130996870

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/arginine-rich splicing factor SR30-like
产物serine/arginine-rich splicing factor SR30-like
ArabidopsisAT1G09140 (SR30)
SERINE-ARGININE PROTEIN 30 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837433]
identity=75.8; qcov=0.516; evalue=7.67e-89; confidence=medium
RiceOs07g0673500
-
identity=78.8; qcov=0.489; evalue=1.01e-95; confidence=medium
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996870

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778122.1
2 Nuclear speckle 核斑点 0.60000 XP_057778122.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057778122.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057778122.1
5 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057778122.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:47874426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:47874488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B135,B67,B68,C60
Chr8:47874790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr8:47874976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr8:47875208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr8:47875575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr8:47876682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,C13,C22,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778122.1
380 aa
N
1
190
380
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF00076 RRM_1 110-177 aa PF00076 RRM_1 213-276 aa
XP_057778123.1
380 aa
N
1
190
380
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF00076 RRM_1 110-177 aa PF00076 RRM_1 213-276 aa
XP_057778125.1
380 aa
N
1
190
380
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF00076 RRM_1 110-177 aa PF00076 RRM_1 213-276 aa
XP_057778126.1
376 aa
N
1
188
376
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF00076 RRM_1 110-177 aa PF00076 RRM_1 213-276 aa
XP_057778127.1
376 aa
N
1
188
376
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF00076 RRM_1 110-177 aa PF00076 RRM_1 213-276 aa
XP_057778128.1
376 aa
N
1
188
376
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF00076 RRM_1 110-177 aa PF00076 RRM_1 213-276 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778122.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778122.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 110 177 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778122.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 213 276 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778123.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778123.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 110 177 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778123.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 213 276 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778125.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778125.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 110 177 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778125.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 213 276 1.4e-51 173.0 RNA recognition motif
XP_057778126.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778126.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 110 177 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778126.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 213 276 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778127.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778127.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 110 177 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778127.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 213 276 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778128.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778128.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 110 177 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif
XP_057778128.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 213 276 1.3e-51 173.1 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092857.1
ACGAATTATGACTCGCCAGCGTATCTTTGATTTTCTTTATTTTATGATTTTTTTTCCATTCATTCATATAAAAACCGACTGCGTCTCGGCTCCGGCCCCTACTTCACAAATCACAACTTCTCGAATTCTCCAACTCGCCAACTTCTACGTAACTCTGCTCACCAAATAGTGCAGTTTCCTTGATCATTTGAAGGAGAATGGGGCGTTCTAGTCGAACAATTTACGTTGGTAATCTTCCTGGGGACATTAGGGAGAGTGAG...
XR_009092856.1
TGATTTTCTTTATTTTATGATTTTTTTTCCATTCATTCATATAAAAACCGACTGCGTCTCGGCTCCGGCCCCTACTTCACAAATCACAACTTCTCGAATTCTCCAACTCGCCAACTTCTACGTAACTCTGCTCACCAAATAGTTTCCTTGATCATTTGAAGGAGAATGGGGCGTTCTAGTCGAACAATTTACGTTGGTAATCTTCCTGGGGACATTAGGGAGAGTGAGATTGAAGACTTATTTTACAAGTATGGGCGTGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130996870
ATGGGGCGTTCTAGTCGAACAATTTACGTTGGTAATCTTCCTGGGGACATTAGGGAGAGTGAGATTGAAGACTTATTTTACAAGTATGGGCGTGTAGTTGACATTGATTTGAAAACACCTTCAAGATCACCTGCTTATGCTTTTGTTGAGTTCAAAGACTCGCATGATGCTGAAGATGCCATTTATGGCCGAGATGGCTATAATTTTGATGGTTACCGGTTAAGAGTTGAACCTGCATATGAAGAGAGAGGATCGTTATC...
LOC130996870
ATGGGGCGTTCTAGTCGAACAATTTACGTTGGTAATCTTCCTGGGGACATTAGGGAGAGTGAGATTGAAGACTTATTTTACAAGTATGGGCGTGTAGTTGACATTGATTTGAAAACACCTTCAAGATCACCTGCTTATGCTTTTGTTGAGTTCAAAGACTCGCATGATGCTGAAGATGCCATTTATGGCCGAGATGGCTATAATTTTGATGGTTACCGGTTAAGAGTTGAACCTGCATATGAAGAGAGAGGATCGTTATC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057778122.1
MGRSSRTIYVGNLPGDIRESEIEDLFYKYGRVVDIDLKTPSRSPAYAFVEFKDSHDAEDAIYGRDGYNFDGYRLRVEPAYEERGSLSYSEGGRRGASRRSDYKGRSSSTIYVGNLPGDVRESEVEDLFDKYGPIVDIDLKTPPRPPIYAFVEFEDPRDADDAIRGRDGYSFDGHRLRVELAHGGRGSSSKDRYSSYSNGSSRGGLSKHSDYRVLVTGLPYSASWQDLKDHMRQAGDVCFSEVYRDRGGMRGIVDYTNYDD...
XP_057778123.1
MGRSSRTIYVGNLPGDIRESEIEDLFYKYGRVVDIDLKTPSRSPAYAFVEFKDSHDAEDAIYGRDGYNFDGYRLRVEPAYEERGSLSYSEGGRRGASRRSDYKGRSSSTIYVGNLPGDVRESEVEDLFDKYGPIVDIDLKTPPRPPIYAFVEFEDPRDADDAIRGRDGYSFDGHRLRVELAHGGRGSSSKDRYSSYSNGSSRGGLSKHSDYRVLVTGLPYSASWQDLKDHMRQAGDVCFSEVYRDRGGMRGIVDYTNYDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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