Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003982`

染色体: Chr08 坐标: 47965191-47970997 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003982`
名称	SmilChr08G003982
描述	F-actin-capping protein subunit alpha-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	47965191 - 47970997 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996873`
GeneID	`130996873`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996873`
原始查询	`LOC130996873`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-actin-capping protein subunit alpha-like
产物	F-actin-capping protein subunit alpha-like
Arabidopsis	`AT3G05520` (CPA) Subunits of heterodimeric actin filament capping protein Capz superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819717] identity=69.6; qcov=0.958; evalue=7.81e-164; confidence=high
Rice	`Os07g0414800` - identity=69.8; qcov=0.703; evalue=3.84e-117; confidence=high
GO	GO:0008290 (F-actin capping protein complex); GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0030479 (actin cortical patch); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051016 (barbed-end actin filament capping)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04820 (Cytoskeleton in muscle cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01267 (F-actin_cap_A)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996873

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778133.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778133.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778133.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778133.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778133.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:47965882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778133.1

306 aa

153

306

F-actin_cap_A

PF01267 F-actin_cap_A 18-295 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778133.1`	Pfam	`PF01267`	F-actin_cap_A	Family	18	295	6.3e-78	262.6	F-actin capping protein alpha subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922150.1
AAATGTCATTTGTCAAAGGTGGCTTAAAAACTGAATAATTAGTTCAAACTGAGAGTGAACGCCATTTTTACCTAATCATTTGACTATTTTTGCATAGATAGATACTTTTGTTTTTAATAGCATAAATAATTTCATTGCCCTGTAAATTTGGCGATATATATATATACACATTGTGTGTGTGTGTGTCATTTGATTTCGAGGGAGAAATTTTACTCGGTACAAAATTCCAAAACCCTTTTGGGATCTCAGAAATGTCAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996873
ATGTCAGACGAGGAAGAGACGCAGCTCACTGATGAGCAGAAAATCGAGATCGCCAAATGGTTTCTCCTCAATTCTCCAGCCGGCGAAATCCAATACATCGCCAAAGATATCAAGGCGGTTTTGCAGGATGAGACGCTGTATAGCACGGCGGCGGCAGAGGCATTTCCTCTTTACAACAAATCTCACATGATTTGCCTGGATTTTCCTGATAGAAGCGGTGAGGTTATGGTTACACCATTTAACGAGATTGGTGAGAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778133.1
MSDEEETQLTDEQKIEIAKWFLLNSPAGEIQYIAKDIKAVLQDETLYSTAAAEAFPLYNKSHMICLDFPDRSGEVMVTPFNEIGENEYLDPRTAQVAIVDHVKQVCGRARPANDEEFPSPYIEEYRYSLDVEVTKYVSEAYPKGICSVYCVNGKDVEEPGMDFELVVVISAARLSPQNFCNGSWRSIWNLEFKDEAQFVEVRGKLQVGAHYFEEGNVQLDAKHECKDSTMFMSPEDCAHSVTTIIRHHETEYLDSLQTSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器