Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003981`

染色体: Chr08 坐标: 47962691-47964264 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003981`
名称	SmilChr08G003981
描述	translationally-controlled tumor protein homolog
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	47962691 - 47964264 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996882`
GeneID	`130996882`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996882`
原始查询	`LOC130996882`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	translationally-controlled tumor protein homolog
产物	translationally-controlled tumor protein homolog
Arabidopsis	`AT3G16640` (TCTP) translationally controlled tumor protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820916] identity=79.8; qcov=1; evalue=5.72e-96; confidence=high
Rice	`Os11g0660500` (OsTCTP) - identity=82.7; qcov=1; evalue=1.54e-95; confidence=high
GO	GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF00838 (TCTP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778144.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057778144.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057778144.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057778144.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778144.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:47963434`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B118,B80,C30
`Chr8:47963434`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B118,B80,C30
`Chr8:47963486`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	C11,C69
`Chr8:47963486`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr8:47964054`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B103,B137,B66,C60
`Chr8:47964081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B15,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778144.1

168 aa

168

TCTP

PF00838 TCTP 1-164 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778144.1`	Pfam	`PF00838`	TCTP	Domain	1	164	1.7e-59	201.5	Translationally controlled tumour protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922161.1
AAGTGGGATAATTATTGCAAGTCAAATCCTAGTCAAACTAAGTCTGCTAAACAAAACACAACTCGGAAACGATTAAGTTCTCTGCTATATAATCTCGCGGCCCCAACCATTATTTACTTCATCAATCTCATACTTCTCTCACTGCCTAGATTTCCTCTCGCTTCCTTAAAGAATTTTCGACTCTTTTGTTGGGATAATAAAAGAGGAAACATGTTGGTTTATCAGGATCTTCTCTCAGGCGATGAGCTTCTCTCTGACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996882
ATGTTGGTTTATCAGGATCTTCTCTCAGGCGATGAGCTTCTCTCTGACTCATTCCCGTATAAGGAAATAGAGAATGGGATGCTGTGGGAAGTAGAAGGGAAGTGGGTCATTCAAGGGGCCGTTAACGTCGATATTGGGGCGAACCCTTCTGCTGAAGGTGGTGACGAAGACGAAGGTGTTGATGATCAAGCTGTCAAGGTTGTGGACATTGTAGACACTTTCCGGCTTCAAGAGCAGCCTCCTTTCGACAAAAAACAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778144.1
MLVYQDLLSGDELLSDSFPYKEIENGMLWEVEGKWVIQGAVNVDIGANPSAEGGDEDEGVDDQAVKVVDIVDTFRLQEQPPFDKKQFIAYVKKYIKNLTPKLEPEKQEQFKKGIEGATKYLVSKLKDFQFFVGESMHDDGTMVFAYYKEGATDPTFLYLGYGLKEVKC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器