Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003992`

染色体: Chr08 坐标: 48136166-48138895 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003992`
名称	SmilChr08G003992
描述	dof zinc finger protein DOF4.6-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	48136166 - 48138895 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996889`
GeneID	`130996889`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996889`
原始查询	`LOC130996889`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dof zinc finger protein DOF4.6-like
产物	dof zinc finger protein DOF4.6-like
Arabidopsis	`AT3G61850` (DAG1) Dof-type zinc finger DNA-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825358] identity=33.9; qcov=1.03; evalue=5.82e-07; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996889

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778152.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778152.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778152.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778152.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057778152.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:48136346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C38,C60
`Chr8:48136355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,B97
`Chr8:48136361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr8:48136385`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B51,B77,C35
`Chr8:48136400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B78,C36,C59
`Chr8:48136430`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A19,B125,C27
`Chr8:48136440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr8:48136447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr8:48136450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr8:48136451`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr8:48136468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,C44,C48,D3
`Chr8:48136471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922169.1
CATCTGAGTTTGACATTCCAAATCTTTTATCATATTTGGTTCCCGCAAGAACCGGCGCTCCTCTTCCTCCTCCCCCTTTTCCACCTCCACCAAAAAACTCCCCGATTTGGTGCCGCCGCAAAGCCCTAATCAGGATCTAAACCTCGCCCACCACCATGATTTCAAGGCCCTCAGCGACATGATCCACCTCCCCTCGCCGCCGCCGCCTCAACTCTCGTCGCTACAGCTTCTCACGGGGCTAGCATCCACGTCGAGGGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996889
ATGATCCACCTCCCCTCGCCGCCGCCGCCTCAACTCTCGTCGCTACAGCTTCTCACGGGGCTAGCATCCACGTCGAGGGGTTTGAACTCCTTCATGCCGTCTCCGGCGGATCCCTACCCATCGTCGGGGCTGGGATTTCCAATGGCGGAGTTCAAGCCGTCTTCTCTCAACTTCTCGCTGGATGGGGTCGGGATCGGCGGCGGCTATGGAAGCTTCCAGGGGGTTCTGGAAACGAATGGAAAGCTTCTGTTTCTGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778152.1
MIHLPSPPPPQLSSLQLLTGLASTSRGLNSFMPSPADPYPSSGLGFPMAEFKPSSLNFSLDGVGIGGGYGSFQGVLETNGKLLFLFEDLKQHVSSNNADQNRDDNDNSNGYWNGVIGGGSWRC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器