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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003962

染色体: Chr08 坐标: 47568797-47569634 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003962
名称SmilChr08G003962
描述uncharacterized SmilChr08G003962
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向47568797 - 47569634 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996890
GeneID130996890
locus_tag-
NCBI NameLOC130996890
原始查询LOC130996890

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996890

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778153.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057778153.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057778153.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778153.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778153.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:47568984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:47568989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C22,C4
Chr8:47569021 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 A3,B126,B17,B5,C2,C23,C31,C58
Chr8:47569030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C11,C25
Chr8:47569073 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 10 B105,B128,B38,B58,B99,C11,C25,C28,C42,C83
Chr8:47569101 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A21,B32,B35,B62,B73,C22,C31,C39,C4,C41,C62,C75,D10,D11
Chr8:47569107 GC * 1bp_deletion CDS_variant 3 B106,B17,C24
Chr8:47569109 ATT * 2bp_deletion CDS_variant 3 B106,B17,C24
Chr8:47569112 CCA * 2bp_deletion CDS_variant 3 B106,B17,C24
Chr8:47569172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr8:47569182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B114,C25
Chr8:47569187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922170.1
TTCTTTTGACTTTCCCTTTTGTTTTCGGGTATCTAAGATCGACCCTCACGGGCCCCAGCTAAAATTTGTGAAATAAATAGGAAAGGGGAATTGAATGATACTACAAAAAATTGTACAATCAGATAAGATTGGGGGTTTTTCAAGATAGTATATGGAGTATAATGTTATCGTCCTTGAATTAATTATGAGTAGAGATCCAGTGCATGTTCCCGTTGGTTCGGTGACACGAGCTAGAGCCAAGAAGTTCAAGGAAAGCTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996890
ATGGAGTATAATGTTATCGTCCTTGAATTAATTATGAGTAGAGATCCAGTGCATGTTCCCGTTGGTTCGGTGACACGAGCTAGAGCCAAGAAGTTCAAGGAAAGCTTAATGATCTTGGTTGAGGAGATCTGGAAACAAGAGTTGAGAAAGCCGATCGGAGATAATGGAGTTAGCGAGCAGAGTTCAAGTGTGATGAATCTTATTACGTATAGAGCAGAGCAGAATGGAATGCCAGAGCAGAGCAGAGCTGCCAGAGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778153.1
MEYNVIVLELIMSRDPVHVPVGSVTRARAKKFKESLMILVEEIWKQELRKPIGDNGVSEQSSSVMNLITYRAEQNGMPEQSRAARAEQTVQSRANLQSRADLQSRAYFQSRAELSFRAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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