Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003996`

染色体: Chr08 坐标: 48233722-48234482 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003996`
名称	SmilChr08G003996
描述	rapid alkalinization factor-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	48233722 - 48234482 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996891`
GeneID	`130996891`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996891`
原始查询	`LOC130996891`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rapid alkalinization factor-like
产物	rapid alkalinization factor-like
Arabidopsis	`AT4G15800` (RALFL33) ralf-like 33 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827260] identity=57.9; qcov=0.958; evalue=3.19e-40; confidence=medium
Rice	`Os12g0541700` (OsRALF-37) - identity=65.8; qcov=0.689; evalue=6.15e-31; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05498 (RALF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057778154.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778154.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778154.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778154.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778154.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:48234055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:48234195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B112,B120,B15,B77
`Chr8:48234280`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B88,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778154.1

119 aa

119

RALF

PF05498 RALF 58-118 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778154.1`	Pfam	`PF05498`	RALF	Family	58	118	2.2e-28	99.8	Rapid ALkalinization Factor (RALF)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922171.1
TATATAAAAATTCAACGATCTGCATTTACTTTGTTTCTCTGTTCGTTCCTCTCTCTCTCATCCTCACCCACAAAACAAGTAAGAGAGAGAAACCCCTTTGCCGATACTCCATAACAATTCCGCGGAAATCAGTGCTCAGAATCGACCGCTATCGCTTCGAAATGGCAGCCGCCTACAAATTGCTAATAGCACTATGCTTAATCGCATCAATTCTAATCCTGCAAGCGTCGGCAGGTGGGGACCACGATCCCTCCGCCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996891
ATGGCAGCCGCCTACAAATTGCTAATAGCACTATGCTTAATCGCATCAATTCTAATCCTGCAAGCGTCGGCAGGTGGGGACCACGATCCCTCCGCCGCGGGATGGATGATGCCGGCAGTGAGATCCGGCTGCAGGGGGACCATCGCCGAGTGCCTGGCCGGCGGAGACGACGAGTTCGAGCTTGATTCGGAGTCCAACAGGCGCATCCTAGCGACGAGCCGCTACATCAGCTACGGAGCGCTGCAGAGGAACAACGTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778154.1
MAAAYKLLIALCLIASILILQASAGGDHDPSAAGWMMPAVRSGCRGTIAECLAGGDDEFELDSESNRRILATSRYISYGALQRNNVPCSRRGASYYNCRPGAQANPYRRGCNAITRCRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器