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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004032

染色体: Chr08 坐标: 48778217-48782637 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004032
名称SmilChr08G004032
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08490
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48778217 - 48782637 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996921
GeneID130996921
locus_tag-
NCBI NameLOC130996921
原始查询LOC130996921

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08490
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08490
ArabidopsisAT5G08490 (SLG1)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830748]
identity=52.9; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0290000
-
identity=46.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057778179.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778179.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778179.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778179.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778179.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48778604 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 49 A14,A16,A18,A19,A20,A6,A7,B1,B100,B108,B110,B114,B127,B13,B16,B29,B35,B40,B42,B43,B47,B51,B66,B71,B78,B80,B85,B86,B94,C1,C21,C23,C26,C29,C35,C4,C40,C44,C45,C53,C54,C64,C66,C68,C74,C76,C81,D1,D10
Chr8:48778633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B40,B71,C66
Chr8:48778889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B60,C14,C39
Chr8:48778947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr8:48779416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr8:48780092 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B18,C10
Chr8:48780092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C10
Chr8:48780388 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr8:48780388 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C81
Chr8:48780390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr8:48780704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:48780752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778179.1
853 aa
N
1
426
853
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 88-114 aa PF01535 PPR 163-188 aa PF13041 PPR_2 188-227 aa PF01535 PPR 191-218 aa PF01535 PPR 268-292 aa PF01535 PPR 296-319 aa PF01535 PPR 475-496 aa PF13812 PPR_3 500-534 aa PF01535 PPR 504-534 aa PF01535 PPR 536-565 aa PF01535 PPR 635-665 aa PF20431 E_motif 750-812 aa
XP_057778180.1
789 aa
N
1
394
789
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 24-50 aa PF01535 PPR 99-124 aa PF13041 PPR_2 124-163 aa PF01535 PPR 127-154 aa PF01535 PPR 204-228 aa PF01535 PPR 232-255 aa PF01535 PPR 411-432 aa PF13812 PPR_3 437-470 aa PF01535 PPR 440-470 aa PF01535 PPR 472-501 aa PF01535 PPR 571-601 aa PF20431 E_motif 686-748 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 88 114 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 163 188 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 188 227 4e-68 226.0 PPR repeat family
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 191 218 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 292 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 296 319 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 475 496 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 500 534 9.6e-19 67.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 504 534 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 536 565 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 635 665 1.3e-67 220.1 PPR repeat
XP_057778179.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 750 812 8.6e-16 58.7 E motif
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 24 50 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 99 124 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 124 163 1.1e-67 224.7 PPR repeat family
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 127 154 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 204 228 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 232 255 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 411 432 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 437 470 5e-19 68.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 470 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 472 501 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 571 601 4e-66 215.5 PPR repeat
XP_057778180.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 686 748 8.5e-16 58.7 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922196.1
TTTTTTAGTATTTTCTTAAATACTTTTATAATTGAAGAATTGGTTTTTAAAGTTGAACAGAAAAGGGAAACTAGGTGGGGCCGCCGCCGTCGGAGTGAGGGCTTAACGCTGCTACCTAATTAGGTTTCCACGGCTATGGGTACAATGAGAGAAGCCCTTTCCGTCTTACTCCAAAGAAGAAGCTATGAATCCAGTTACCAAGTTTTAGCCGATCTTCTTAAATCATGTGCGGCAGCATCAGGTATCAAATTGGGGAAATC...
XM_057922197.1
CGCCGTCGGAGTGAGGGCTTAACGCTGCTACCTAATTAGGTTTCCACGGCTATGGGTACAATGAGAGAAGCCCTTTCCGTCTTACTCCAAAGAAGAAGCTATGAATCCAGTTACCAAGTTTTAGCCGATCTTCTTAAATCATGTGCGGCAGCATCAGAGTTCTCGACGACTGCCACAAGCTGTTCGACGAAATTACTGACCGAGACACCGTCACTTGGAACACTCTCTTGTCCGGATTCGCCGGTTCCGGCCGTCACGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996921
ATGGGTACAATGAGAGAAGCCCTTTCCGTCTTACTCCAAAGAAGAAGCTATGAATCCAGTTACCAAGTTTTAGCCGATCTTCTTAAATCATGTGCGGCAGCATCAGGTATCAAATTGGGGAAATCTGTACACGCTCACGTTATTAAAGAAGGACACCATTGTTGCCACTTAATCTCGAAAGCTTTGCTCAACATGTACGCGAAATGCAGAGTTCTCGACGACTGCCACAAGCTGTTCGACGAAATTACTGACCGAGACAC...
LOC130996921
ATGTGCGGCAGCATCAGAGTTCTCGACGACTGCCACAAGCTGTTCGACGAAATTACTGACCGAGACACCGTCACTTGGAACACTCTCTTGTCCGGATTCGCCGGTTCCGGCCGTCACGATCACACGGTTATGAGGTTTTTCAACATGCTCCGTGCTGTGCGCGATCCTAAACCGAGTGCCGTCACTCTCGCTATCGTCATTCCTGTCTGCACGCGGTCCGGCACCCGGGGTGCTCGGAGGAGTGTTCATGCGTACGCGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778179.1
MGTMREALSVLLQRRSYESSYQVLADLLKSCAAASGIKLGKSVHAHVIKEGHHCCHLISKALLNMYAKCRVLDDCHKLFDEITDRDTVTWNTLLSGFAGSGRHDHTVMRFFNMLRAVRDPKPSAVTLAIVIPVCTRSGTRGARRSVHAYAMKSGMESQTLVGNALVSMYAKSGLLLDACVVFGEIFDKDVVSYNAAIAGLAENKLVEDAFRLFTEMIKGPVMPNYATIVNVLPLCAAMGKTGCDRLGKEIHCYVLRRADL...
XP_057778180.1
MCGSIRVLDDCHKLFDEITDRDTVTWNTLLSGFAGSGRHDHTVMRFFNMLRAVRDPKPSAVTLAIVIPVCTRSGTRGARRSVHAYAMKSGMESQTLVGNALVSMYAKSGLLLDACVVFGEIFDKDVVSYNAAIAGLAENKLVEDAFRLFTEMIKGPVMPNYATIVNVLPLCAAMGKTGCDRLGKEIHCYVLRRADLEDETSVNNAILSFYLKVGRIREAESLFERMKFRDSVSWNSMIAGYASNGQWLKSLETFRCFVCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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