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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004020

染色体: Chr08 坐标: 48635304-48646492 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004020
名称SmilChr08G004020
描述acyl-CoA-binding domain-containing protein 4
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48635304 - 48646492 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996925
GeneID130996925
locus_tag-
NCBI NameLOC130996925
原始查询LOC130996925

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl-CoA-binding domain-containing protein 4
产物acyl-CoA-binding domain-containing protein 4
ArabidopsisAT3G05420 (ACBP4)
acyl-CoA binding protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819707]
identity=71.5; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0835600 (OsACBP6)
-
identity=64.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000062 (fatty-acyl-CoA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006869 (lipid transport)
KEGG-
PfamPF00887 (ACBP); PF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2); PF24681 (Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7); PF24922 (ACBP4_C); PF24981 (Beta-prop_ATRN-LZTR1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057778184.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057778184.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778184.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057778184.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778184.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48638186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:48639476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr8:48639904 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B51
Chr8:48639904 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B51
Chr8:48641038 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B40,C2,C83
Chr8:48641038 GAT G 2bp_deletion CDS_variant 3 B40,C2,C83
Chr8:48643158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:48643936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr8:48644491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr8:48644492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:48644543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778184.1
671 aa
N
1
336
671
ACBP
Beta-prop_ATRN-LZTR1
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Beta-prop_ATRN-LZTR1
Beta-prop_ATRN-LZTR1
ACBP4_C
C
PF00887 ACBP 18-101 aa PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 175-299 aa PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 176-303 aa PF01344 Kelch_1 190-230 aa PF07646 Kelch_2 190-231 aa PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 245-454 aa PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 258-392 aa PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 307-479 aa PF24922 ACBP4_C 548-650 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778184.1 Pfam PF00887 ACBP Domain 18 101 5.9e-20 71.9 Acyl CoA binding protein
XP_057778184.1 Pfam PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 Repeat 175 299 3.1e-55 188.2 Attractin/LZTR1 beta-propeller
XP_057778184.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 176 303 7.5e-82 274.6 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057778184.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 190 230 4.8e-29 100.2 Kelch motif
XP_057778184.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 190 231 1.4e-20 72.9 Kelch motif
XP_057778184.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 245 454 7.5e-82 274.6 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057778184.1 Pfam PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 Repeat 258 392 3.1e-55 188.2 Attractin/LZTR1 beta-propeller
XP_057778184.1 Pfam PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 Repeat 307 479 3.1e-55 188.2 Attractin/LZTR1 beta-propeller
XP_057778184.1 Pfam PF24922 ACBP4_C Domain 548 650 5.3e-37 127.0 Acyl-CoA-binding domain-containing protein 4-6, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922201.1
TTAGACCCCCGGAAGCCATTAGCTCGAAAAGTTCGCGAAATACACAGCACCAAATATTTAGTTCAAGAACCCCTGTGCTAAATTTCTACATATTTACTGACGCTTCCACCATTCGCGATTCTCACCGATCTGAGATTTCGGATTCTGATCGGAGAATTCTCAAATGACGGCGGTGGCGGCGATGGCCAGAGGAGGCTCTAGCCTCGCTTATCCGGAGCGCTTCTACGCGGCGGCCTCCTACGTCGGCTTTGGCGGATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996925
ATGACGGCGGTGGCGGCGATGGCCAGAGGAGGCTCTAGCCTCGCTTATCCGGAGCGCTTCTACGCGGCGGCCTCCTACGTCGGCTTTGGCGGATCTCCTACCTCCGCTGCTAAAGGCGTCGCCTCAAAGTTCTCGAATGATGCAGCATTGCTTCTCTACGCGCTCTATCAGCAGGCAACTGTAGGGCCTTGCAACACTCCTAAACCTAGAGCTTGGAATCCCATTGAGCATAGCAAATGGACAAGCTGGAATGGGCTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778184.1
MTAVAAMARGGSSLAYPERFYAAASYVGFGGSPTSAAKGVASKFSNDAALLLYALYQQATVGPCNTPKPRAWNPIEHSKWTSWNGLGNMASTEAMRLFVKILEEEDPGWYSRVADFVAEPVIDVEMNRKPEVVAASDNGNGIVESKTIPTENGSLSETQDKDVVSDGLGAVSVYDQWVSPPISGTRPKSRYEHGAAVIDDKMYVFGGNHNGRYLSDLQVLNMRSWTWSRVEVQAGTGGTTIPCAGHSLIPWDGKLLSVAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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