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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004048

染色体: Chr08 坐标: 48974358-48976630 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004048
名称SmilChr08G004048
描述probable microtubule-binding protein TANGLED
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48974358 - 48976630 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996941
GeneID130996941
locus_tag-
NCBI NameLOC130996941
原始查询LOC130996941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable microtubule-binding protein TANGLED
产物probable microtubule-binding protein TANGLED
ArabidopsisAT3G05330 (ATN)
cyclin family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819697]
identity=50; qcov=1.03; evalue=1.55e-104; confidence=high
RiceOs02g0459300
-
identity=39.8; qcov=0.931; evalue=3.74e-46; confidence=medium
GOGO:0008017 (microtubule binding); GO:2000694 (regulation of phragmoplast microtubule organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778209.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057778209.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057778209.1
4 Spindle Spindle 1.00000 XP_057778209.1
5 Spindle pole Spindle pole 1.00000 XP_057778209.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48974537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B16,B5,B55
Chr8:48974606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr8:48974734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr8:48974809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,C12,D10,D4
Chr8:48974816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B139,B62,B98,C18
Chr8:48974915 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B10,B12,B16,B49,B5
Chr8:48974915 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 5 B10,B12,B16,B49,B5
Chr8:48974935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B98,C22
Chr8:48974949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B98,C22
Chr8:48974958 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B108,B111,B54,B79,C43,C9
Chr8:48974993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr8:48975010 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 11 B100,B45,B47,B74,C35,C36,C38,C4,C70,C71,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922226.1
TTGGGACAACAACATACGAATACTATCCGTTACACCAAAAGTTGTCTTCCAATTATACAAATTCCAACCAACCCAAACTATAACAACAGCTTCACAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAAACACATCAAACCCTGTTTCCATTTGGGAGAAATGGTCGCAAGATCCCCACCAAAGCACCACCAGAAGCTGGCTGTGGTGGCGCCGCCCATCAGTCCCACTCTCCTCCGAGAAACCGTAAAAAAGGTGGATCGGTGTATGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996941
ATGGTCGCAAGATCCCCACCAAAGCACCACCAGAAGCTGGCTGTGGTGGCGCCGCCCATCAGTCCCACTCTCCTCCGAGAAACCGTAAAAAAGGTGGATCGGTGTATGGCTCGACTGCAAGAGCTTCAACACACAGTAACAGGTGGGACTAAACTAGTCTCCGGTTTGAGTTTGAGTCCTCGTAGTGGTAGAAACTATCTACGGGCAAGCCTACGCTGTAAACAGGAGTCATTAAGGTTAAAGAATGCTAATTCTCGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778209.1
MVARSPPKHHQKLAVVAPPISPTLLRETVKKVDRCMARLQELQHTVTGGTKLVSGLSLSPRSGRNYLRASLRCKQESLRLKNANSRRSSPGKLPVSKEEWRKMSLPAMLLGETVGEILQASQFARNVVEAVSSKPQKPANEDPKTPVTQRAKQKLALENSGLHARRRKEKQVVLQNVRSESNVPSIRRAKSKINFKVSPLQNRECDKENCRYIANRVSPRNRPWVKKTVLFPNPLFHSSPTSQHQKFGKTKSPMIARNRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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