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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000022

染色体: Chr08 坐标: 154534-156108 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000022
名称SmilChr08G000022
描述uncharacterized SmilChr08G000022
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向154534 - 156108 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996981
GeneID130996981
locus_tag-
NCBI NameLOC130996981
原始查询LOC130996981

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827264]; symbol=AT4G15830; hit=AT4G15830; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827264]; symbol=AT4G15830; hit=AT4G15830; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G15830 (AT4G15830)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827264]
identity=58.9; qcov=0.972; evalue=6.62e-89; confidence=high
RiceOs01g0931200
-
identity=53.1; qcov=0.988; evalue=1.05e-81; confidence=high
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005881 (cytoplasmic microtubule); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF12348 (CLASP_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996981

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778245.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057778245.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778245.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778245.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057778245.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:155049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B67
Chr8:155082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B42,B44,D6
Chr8:155093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B42,B44,D6
Chr8:155105 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B17
Chr8:155105 GGA G 2bp_deletion CDS_variant 1 B17
Chr8:155374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C13
Chr8:155522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr8:156047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B136,C1
Chr8:156069 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 4 B48,B97,C28,C79
Chr8:156069 GC G 1bp_deletion CDS_variant 4 B48,B97,C28,C79
Chr8:156075 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 8 B40,B53,B77,C15,C32,C45,C68,C78
Chr8:156084 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B81,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778245.1
248 aa
N
1
124
248
CLASP_N
C
PF12348 CLASP_N 53-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778245.1 Pfam PF12348 CLASP_N Repeat 53 215 1.2e-08 35.5 CLASP N terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922262.1
ATGGCCGACGCCGGCTGTACACTGATCGACCCCGCCGTGCCTCTACGCCTTCCGTCGGAATGTTCTCCGGGTTTGATTGGAGGGTTGGAGTCAAAAGATTGGTTGAAGGTGTGTGAATCACTCAATGATGTTAGGCGATTCGCGCTTTATCACTCTGCTCTTCTGCAGCCAATTCTGGAAAAAGTAGTGCTAGTGATGGTGAAAGCAATCAAGAATCCAAGAAGTGCACTGTGCAAGACTTCAATCATGGCTGCTGCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996981
ATGGCCGACGCCGGCTGTACACTGATCGACCCCGCCGTGCCTCTACGCCTTCCGTCGGAATGTTCTCCGGGTTTGATTGGAGGGTTGGAGTCAAAAGATTGGTTGAAGGTGTGTGAATCACTCAATGATGTTAGGCGATTCGCGCTTTATCACTCTGCTCTTCTGCAGCCAATTCTGGAAAAAGTAGTGCTAGTGATGGTGAAAGCAATCAAGAATCCAAGAAGTGCACTGTGCAAGACTTCAATCATGGCTGCTGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778245.1
MADAGCTLIDPAVPLRLPSECSPGLIGGLESKDWLKVCESLNDVRRFALYHSALLQPILEKVVLVMVKAIKNPRSALCKTSIMAAADIFNAFGETLLESAPDAFSQLLLQLLLKASQDKKFVCEEADKALLAMAKSMAPLSLLHKLGAYVGHMNLRVRAKAAISISNCVSNMDLKSMEGFGLAALIQIASKLLNDKLPEAREAARGIVVSLYGAMTEGEEEKQEFWQSFCHSNLPAIHAQAMVKLVSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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