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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000229`

染色体: Chr08 坐标: 1538443-1543054 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000229`
名称	SmilChr08G000229
描述	uncharacterized SmilChr08G000229
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	1538443 - 1543054 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997033`
GeneID	`130997033`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997033`
原始查询	`LOC130997033`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G28780` (AT5G28780) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993] identity=38.1; qcov=0.19; evalue=1.67e-45; confidence=weak
Rice	`Os04g0357300` - identity=45; qcov=0.313; evalue=1.55e-118; confidence=low
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	-
Pfam	PF05970 (PIF1); PF14214 (Helitron_like_N); PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778295.1`
2	Telomere	端粒	0.60000	`XP_057778295.1`
3	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057778295.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778295.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778295.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:1538503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C54
`Chr8:1538519`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr8:1538529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr8:1540142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr8:1540155`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr8:1540434`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:1540488`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B78,C68
`Chr8:1540488`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B78,C68
`Chr8:1540704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr8:1542138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,C61
`Chr8:1542166`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr8:1542173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778295.1

1418 aa

709

1418

Helitron_like_N

PIF1

Pif1_2B_dom

PF14214 Helitron_like_N 326-510 aa PF05970 PIF1 954-1156 aa PF21530 Pif1_2B_dom 1251-1296 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778295.1`	Pfam	`PF14214`	Helitron_like_N	Domain	326	510	2.8e-50	171.9	Helitron helicase-like domain at N-terminus
`XP_057778295.1`	Pfam	`PF05970`	PIF1	Family	954	1156	7.3e-65	219.4	PIF1-like helicase
`XP_057778295.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	1251	1296	3.2e-17	62.7	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922312.1
ATGCAAAAAGATATTGAGATGTTCAGAAGATTAATTGAAATACCCAATAAGGCTTATGAACTACCACATAAAGACCCTTGTCAGCATTGTAAAGCTATTCGATTCGCTAATGAACCTCCCGCCTTCTGTTGCGCATCAGGTAAAATAAAGATGCAGTTGCCCAAAATGCCAGATGAGTTATGGAACCTCTATGTAAATGATATGACAACTTTGGGGGTCGAGTTCCGTCGGCGTTGCAGGACATATAATAATTCTTTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997033
ATGCAAAAAGATATTGAGATGTTCAGAAGATTAATTGAAATACCCAATAAGGCTTATGAACTACCACATAAAGACCCTTGTCAGCATTGTAAAGCTATTCGATTCGCTAATGAACCTCCCGCCTTCTGTTGCGCATCAGGTAAAATAAAGATGCAGTTGCCCAAAATGCCAGATGAGTTATGGAACCTCTATGTAAATGATATGACAACTTTGGGGGTCGAGTTCCGTCGGCGTTGCAGGACATATAATAATTCTTTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778295.1
MQKDIEMFRRLIEIPNKAYELPHKDPCQHCKAIRFANEPPAFCCASGKIKMQLPKMPDELWNLYVNDMTTLGVEFRRRCRTYNNSLAFTSIKMTYDEALAKANKGVYTFKVQGIVRHYIHELTPKDGVPRHLQLYFYGTERELDNRVSQSEGLDRVIVSLLVNILTNNPYHNFFTNLQNKDDLDSYAIVLRANPKLDQRVYNLPVVDHVAAVWNEGVGTSMEQPRDIRVNLRSGGVRYVHYYYGCYDPLQYCLIFPYGEP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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