Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000251`

染色体: Chr08 坐标: 1734226-1737195 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000251`
名称	SmilChr08G000251
描述	putative disease resistance protein RGA3
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	1734226 - 1737195 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997045`
GeneID	`130997045`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997045`
原始查询	`LOC130997045`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative disease resistance protein RGA3
产物	putative disease resistance protein RGA3
Arabidopsis	`AT3G14470` (AT3G14470) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670] identity=31.8; qcov=0.967; evalue=3.98e-122; confidence=low
Rice	`Os05g0492200` (YR1) - identity=33.4; qcov=1.05; evalue=2.46e-137; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23247 (LRR_RPS2); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057778308.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057778308.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778308.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778308.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778308.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:1734229`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A1,A8,B11,B110,B123,B15,B22,B27,B31,B51,B78,B79,B87,C32,C5,C68,C73,C74
`Chr8:1734237`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	26	B1,B10,B18,B31,B5,B51,B54,B65,B77,B78,B84,B98,C10,C12,C13,C22,C31,C35,C38,C43,C50,C56,C73,C82,C83,D7
`Chr8:1734261`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C58
`Chr8:1734283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B108,C83
`Chr8:1734302`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A13,B91,C71
`Chr8:1734302`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A13,B91,C71
`Chr8:1734304`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	17	A19,A9,B1,B100,B106,B114,B129,B42,B83,B86,C1,C21,C24,C25,C42,C69,D4
`Chr8:1734312`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	31	A1,A2,A4,A8,B102,B12,B123,B126,B2,B22,B25,B26,B37,B52,B55,B57,B85,B92,B95,C18,C20,C42,C55,C67,C7,C70,C72,C74,C8,C87,D9
`Chr8:1734315`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	28	A1,A2,A4,A8,B12,B123,B126,B2,B22,B25,B26,B37,B52,B55,B57,B86,B92,C18,C20,C55,C67,C7,C70,C72,C74,C8,C87,D9
`Chr8:1734316`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	27	A23,A24,B10,B108,B114,B120,B131,B14,B19,B21,B31,B51,B61,B8,B80,C10,C15,C20,C24,C33,C39,C48,C59,C65,C79,D1,D9
`Chr8:1734327`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr8:1734346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B123,B27,B67,C51,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778308.1

967 aa

484

967

Rx_N

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

LRR_R13L1-DRL21

LRR_RPS2

PF18052 Rx_N 9-98 aa PF00931 NB-ARC 180-349 aa PF23559 WHD_DRP 430-501 aa PF23598 LRR_14 537-831 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 664-798 aa PF23247 LRR_RPS2 764-882 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778308.1`	Pfam	`PF18052`	Rx_N	Domain	9	98	3.9e-18	66.0	Rx N-terminal domain
`XP_057778308.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	180	349	4.7e-34	118.2	NB-ARC domain
`XP_057778308.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	430	501	7.7e-26	90.7	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057778308.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	537	831	4.1e-33	115.3	Leucine-rich repeat region
`XP_057778308.1`	Pfam	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	Repeat	664	798	1.2e-37	129.4	R13L1/DRL21 LRRs
`XP_057778308.1`	Pfam	`PF23247`	LRR_RPS2	Repeat	764	882	2.5e-07	31.5	Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922325.1
TCTACTGCTTTGCTATCTCTCTCACTCAATTTCTCTCTTTCTCTCTCTAAGTTATCAGCACAAACAATGGAAGGAGGAGCTGCTTCCGACGTCCTTCAAGTTCTAGTTCAAAACCTCATCGACCTCTCCAAGAAAGAGATCTCTCAGATCCGAGGTCTCGACAAAGATGCAGCAAAGCTAGCTGAGAGTCTCGACGTGATCAAAAATTTCTTGAAGGATGCCGAGACGCGTGACATCATCAGCGATGCTGTCAAGAGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997045
ATGGAAGGAGGAGCTGCTTCCGACGTCCTTCAAGTTCTAGTTCAAAACCTCATCGACCTCTCCAAGAAAGAGATCTCTCAGATCCGAGGTCTCGACAAAGATGCAGCAAAGCTAGCTGAGAGTCTCGACGTGATCAAAAATTTCTTGAAGGATGCCGAGACGCGTGACATCATCAGCGATGCTGTCAAGAGCTGGCTGAAGAAGCTTGAAAACGAGGCGTTCGATGCTGACAATGTTTTGGATGAACTCAACTATCATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778308.1
MEGGAASDVLQVLVQNLIDLSKKEISQIRGLDKDAAKLAESLDVIKNFLKDAETRDIISDAVKSWLKKLENEAFDADNVLDELNYHILSKKIKATKPMKAKVLSSFSSSFNSIARRRKMAVRIQEINENLESIKKEATELGLVARLENEPILVNTAIFETDSFTDDPIFIGREDVTSKIVEMLINGITTDERAVSILPIVGMGGLGKTTLTRKVFNRLKDESRFGSHLWVHVSPNFDAITLFKKILNNLTSYQVEIASRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器