Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000331`

染色体: Chr08 坐标: 2311707-2312515 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000331`
名称	SmilChr08G000331
描述	uncharacterized SmilChr08G000331
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2311707 - 2312515 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997058`
GeneID	`130997058`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997058`
原始查询	`LOC130997058`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826976]; symbol=AT4G13440; hit=AT4G13440; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826976]; symbol=AT4G13440; hit=AT4G13440; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G13440` (AT4G13440) Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826976] identity=33.1; qcov=0.882; evalue=2.88e-24; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997058

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778319.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057778319.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778319.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778319.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778319.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:2312038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr8:2312078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C20,D7
`Chr8:2312168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B97,C6
`Chr8:2312180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr8:2312200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C44,C57
`Chr8:2312222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr8:2312289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B111,B125
`Chr8:2312339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B27,C72,D6
`Chr8:2312340`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,A7,B5,B82
`Chr8:2312370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B33,B55,C32,C65
`Chr8:2312452`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922336.1
ATGGATGAGATAAGAGAAGTTGCAAAGGCCTACTACCATGGGAGGGGAGAACAAGAGAAAGAGCTGGCGCGACAGTTCTTCAAATCCCTGGATGAAGACAACAACAACGTTGTCTGCCTCCAGGAGTACAAGAAGTACGTGAAATCCTCTCTCTCGAGTGATGACGAGGTTTTCGGGCTATTGGACAAGAACGGGGACGAAACCCTAGACTTCAACGAAGTGCTGGCCCTTTATTACATGGATAAAGTCTCCATTCCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997058
ATGGATGAGATAAGAGAAGTTGCAAAGGCCTACTACCATGGGAGGGGAGAACAAGAGAAAGAGCTGGCGCGACAGTTCTTCAAATCCCTGGATGAAGACAACAACAACGTTGTCTGCCTCCAGGAGTACAAGAAGTACGTGAAATCCTCTCTCTCGAGTGATGACGAGGTTTTCGGGCTATTGGACAAGAACGGGGACGAAACCCTAGACTTCAACGAAGTGCTGGCCCTTTATTACATGGATAAAGTCTCCATTCCTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778319.1
MDEIREVAKAYYHGRGEQEKELARQFFKSLDEDNNNVVCLQEYKKYVKSSLSSDDEVFGLLDKNGDETLDFNEVLALYYMDKVSIPRCKVCDKLLLASYFSCLRCLGKPSYNVCCDCYGGGRYEHHHASGEFADTRALLMMLDQIMEKADHVPKACEEDPNNCEAELLPLRLLVDFRWSNEIGAGGHDSERSEGF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器