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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003697

染色体: Chr08 坐标: 41386480-41387188 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003697
名称SmilChr08G003697
描述glycine-rich RNA-binding protein 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向41386480 - 41387188 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997079
GeneID130997079
locus_tag-
NCBI NameLOC130997079
原始查询LOC130997079

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich RNA-binding protein 2-like
产物glycine-rich RNA-binding protein 2-like
ArabidopsisAT4G39260 (CCR1)
cold, circadian rhythm, and RNA binding 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830082]
identity=75.8; qcov=0.292; evalue=3.96e-08; confidence=weak
RiceOs12g0632000 (GRP162)
-
identity=88; qcov=0.221; evalue=6.17e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997079

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778338.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778338.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057778338.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778338.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778338.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:41386880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,A5,B5
Chr8:41386904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C15
Chr8:41386921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B93,C20
Chr8:41386975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B136,B48
Chr8:41386989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B90,B92,C53
Chr8:41387003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,D3
Chr8:41387089 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 18 B1,B100,B106,B114,B13,B30,B35,B64,B8,B83,C21,C31,C38,C44,C56,C70,C76,D11
Chr8:41387116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C74
Chr8:41387152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922355.1
AATTTATTTTTACTACTCGCATTTATCACCACCGATCATCCCCACCATTCATAGCCCCCAATCATATGGAGTATTACTCCCATTTACTACCACCGATCATCACCACCATTCACAATTCACAGCCCCCCAATCATATGGAGTATTACTCTCATTTATTACCACCGATCATCACCACCATTCATAGCCCCCATTCATATGGAGTATTTACTCTTAATATTATGTATTAGTTCATAGCCCCCATTCATCACCACCGATCAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997079
ATGAGGGATGCGATCGAGGGGATGAGCGAACAGGAATTGGACGGCCGTAATATCACCGTCAACGAGGCTCAGTCCGGCGGTGGAGGCGGCGGAGGTTTCCTTGGCCCACGCCGCGAGGGTGGAGGAGGCGGTGGTGGTTACGGGCGCCGTGAGGGTGGCGGTGGCTATGGAGGCGGCGGTGGTGGTGGTTACGGGCGCCGCGAGAGTGGCGGTGGCTATGGAGGCGGCGGTGGTGAGGGATATGGCCATCATGAGGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778338.1
MRDAIEGMSEQELDGRNITVNEAQSGGGGGGGFLGPRREGGGGGGGYGRREGGGGYGGGGGGGYGRRESGGGYGGGGGEGYGHHEGGYGGSRGGGYGGDRGYGGGASKGDWRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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