Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003702`

染色体: Chr08 坐标: 41460873-41462068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003702`
名称	SmilChr08G003702
描述	uncharacterized SmilChr08G003702
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	41460873 - 41462068 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997083`
GeneID	`130997083`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997083`
原始查询	`LOC130997083`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=21.5; qcov=0.991; evalue=1.58e-19; confidence=weak
Rice	`Os12g0597300` - identity=27.2; qcov=0.967; evalue=1.67e-28; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997083

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778340.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778340.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778340.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778340.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057778340.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:41461668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,C11,C36,C65,D3
`Chr8:41461722`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr8:41461758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr8:41461766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr8:41461838`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778340.1

338 aa

169

338

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF10551 MULE 4-47 aa PF00872 Transposase_mut 11-123 aa PF04434 SWIM 198-228 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778340.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	4	47	7.6e-07	30.1	MULE transposase domain
`XP_057778340.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	11	123	2.6e-05	24.0	Transposase, Mutator family
`XP_057778340.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	198	228	3.7e-08	33.4	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922357.1
GAATCGTGGAGTTATTTCATGTCACGCATTCGACGTGTTTATGGCCAAGCCGATCCACTTTTGATTGTCTCTGATCAGCATATCTCCATTGCCAATGCTATCAGGAATGAGTTACCAAATGCAACCCACGGCCTATGCTACTACCATTTGCAAAATAACCTGAAGCATTACGGTAAGGCAGTGGTCGAGGTGTATCGACAAGCTGCATTTGCGTACGAGAAGTCCGACTTCAATAGGGCTATGAACGCCCTGAAGGTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997083
ATGTCACGCATTCGACGTGTTTATGGCCAAGCCGATCCACTTTTGATTGTCTCTGATCAGCATATCTCCATTGCCAATGCTATCAGGAATGAGTTACCAAATGCAACCCACGGCCTATGCTACTACCATTTGCAAAATAACCTGAAGCATTACGGTAAGGCAGTGGTCGAGGTGTATCGACAAGCTGCATTTGCGTACGAGAAGTCCGACTTCAATAGGGCTATGAACGCCCTGAAGGTTATGAAGAGAGCCGCGTACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778340.1
MSRIRRVYGQADPLLIVSDQHISIANAIRNELPNATHGLCYYHLQNNLKHYGKAVVEVYRQAAFAYEKSDFNRAMNALKVMKRAAYDKLMGIGPEKWARSMCPMPVRRYSFMTSNAAEAFNSRLLWARRLPICSMLEAIRIVIEKWFSERLRAAQQIEQGLTVEAGKRVAIEVQKSRRYTAQRLSGMKYKVQTADRSFKVDLEKKKCECRVFQLDQLPCSHSIAAISEAGDTIAEYVDSYYTNDFLIDTYSREVNNLPPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器