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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004965`

染色体: Chr08 坐标: 58450061-58458190 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004965`
名称	SmilChr08G004965
描述	uncharacterized SmilChr08G004965
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	58450061 - 58458190 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997157`
GeneID	`130997157`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997157`
原始查询	`LOC130997157`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818040]; symbol=AT2G34750; hit=AT2G34750; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818040]; symbol=AT2G34750; hit=AT2G34750; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G34750` (AT2G34750) RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818040] identity=47; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0688100` (P0661G04.7-1) - identity=42.5; qcov=0.954; evalue=9.52e-153; confidence=medium
GO	GO:0001042 (RNA polymerase I core binding); GO:0001181 (RNA polymerase I general transcription initiation factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006361 (transcription initiation at RNA polymerase I promoter)
KEGG	-
Pfam	PF05327 (RRN3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997157

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778397.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057778397.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778397.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778397.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057778397.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:58451737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:58451739`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B77,B97
`Chr8:58451915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr8:58451943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C55
`Chr8:58452139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:58452140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:58452141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C69
`Chr8:58452291`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C11
`Chr8:58452291`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C11
`Chr8:58452317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B6,C11,C67
`Chr8:58452495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B124,B16,C67
`Chr8:58452528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	A21,B126,B140,B16,B78,B87,B95,C16,C22,C33,C40,C44,C46,C54,C67,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778397.1

624 aa

312

624

RRN3

PF05327 RRN3 11-534 aa

XP_057778398.1

624 aa

312

624

RRN3

PF05327 RRN3 11-534 aa

XP_057778399.1

624 aa

312

624

RRN3

PF05327 RRN3 11-534 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778397.1`	Pfam	`PF05327`	RRN3	Repeat	11	534	1.1e-114	384.7	RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3
`XP_057778398.1`	Pfam	`PF05327`	RRN3	Repeat	11	534	1.1e-114	384.7	RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3
`XP_057778399.1`	Pfam	`PF05327`	RRN3	Repeat	11	534	1.1e-114	384.7	RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922415.1
GTCACGCAACACACACACACACATCAGTCACCTCTCTCTCTCAATTCTCGACTGCTCGTCCCTCTCTCCCTCTCGGACTCACGGCCGCGTGCCACCACCCCCGGCGACGAATGCCGCTCCGGTCATCCTCACCATCACCCTCGACTGATCGGAACCCTAGTCCCTCCATTCTCCTCCCTTCCGGCGACGACGACAGCGACGAGCTGCCGCAGCGCCTGAACCCTAGCCTCCCCTCTTCTCCCTCCCTAGATTTCCCGGCG...

XM_057922414.1
CGCAACACACACACACACATCAGTCACCTCTCTCTCTCAATTCTCGACTGCTCGTCCCTCTCTCCCTCTCGGACTCACGGCCGCGTGCCACCACCCCCGGCGACGAATGCCGCTCCGGTCATCCTCACCATCACCCTCGACTGATCGGAACCCTAGTCCCTCCATTCTCCTCCCTTCCGGCGACGACGACAGCGACGAGCTGCCGCAGCGCCTGAACCCTAGCCTCCCCTCTTCTCCCTCCCTAGATTTCCCGGCGACAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130997157
ATGGGAGCGCCTCACATGGATGAACTAAGTTTCACTGATTCTGAGCTAGATCATCATGTTAGGAATGCCCTCAAAGCTGCTATTCAGGGCGACTGCAACTTTTATAACCAGCTTGTGGCAGTGATACACCATAAAGAGCGTCTTGTTACTGAAGAGGTGGCCCTTCTTGTGACATGTTTAAAAGCTGTGACTGGAGCAGTATCATGTGTACACATTGTTCATCATCGGTCTCTACTTGCTGCTATACTAGGGATGAGCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057778397.1
MGAPHMDELSFTDSELDHHVRNALKAAIQGDCNFYNQLVAVIHHKERLVTEEVALLVTCLKAVTGAVSCVHIVHHRSLLAAILGMSLWDYGTDVMDALIELLIALASSNGDYVDLCLEMLLMNFMPPPAASYFVELLKQPRGLAKKIQVLDRVHSTLKDISNLVPLTPLRLEKIVRDRMPPIYAKEPFIVMYAENILRLESGTIGELVGSTGLVALMDKLIELDVEISWEDILQDDFHKGMFDIELEDLESPADPIEQDG...

XP_057778398.1
MGAPHMDELSFTDSELDHHVRNALKAAIQGDCNFYNQLVAVIHHKERLVTEEVALLVTCLKAVTGAVSCVHIVHHRSLLAAILGMSLWDYGTDVMDALIELLIALASSNGDYVDLCLEMLLMNFMPPPAASYFVELLKQPRGLAKKIQVLDRVHSTLKDISNLVPLTPLRLEKIVRDRMPPIYAKEPFIVMYAENILRLESGTIGELVGSTGLVALMDKLIELDVEISWEDILQDDFHKGMFDIELEDLESPADPIEQDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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