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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001020

染色体: Chr01 坐标: 21376190-21379024 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001020
名称SmilChr01G001020
描述putative inactive disease susceptibility protein LOV1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向21376190 - 21379024 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997184
GeneID130997184
locus_tag-
NCBI NameLOC130997184
原始查询LOC130997184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative inactive disease susceptibility protein LOV1
产物putative inactive disease susceptibility protein LOV1
ArabidopsisAT3G07040 (RPM1)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819889]
identity=28.8; qcov=0.798; evalue=2.04e-70; confidence=low
RiceOs12g0500500
-
identity=32.5; qcov=0.772; evalue=1.27e-80; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13401 (AAA_22); PF13855 (LRR_8); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778453.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778453.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778453.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778453.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778453.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:21376288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:21376436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr1:21376548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:21377049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B66,C28,C8
Chr1:21377292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:21377373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B22
Chr1:21377406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:21377761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:21378631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr1:21378635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:21378768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr1:21378775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778453.1
944 aa
N
1
472
944
NB-ARC
AAA_22
WHD_DRP
LRR_14
LRR_8
C
PF00931 NB-ARC 233-395 aa PF13401 AAA_22 244-335 aa PF23559 WHD_DRP 469-541 aa PF23598 LRR_14 615-923 aa PF13855 LRR_8 640-694 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778453.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 233 395 1.2e-34 120.1 NB-ARC domain
XP_057778453.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 244 335 7.2e-07 30.3 AAA domain
XP_057778453.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 469 541 1.6e-17 64.0 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057778453.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 615 923 2.4e-44 152.2 Leucine-rich repeat region
XP_057778453.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 640 694 3.9e-07 30.4 Leucine rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922470.1
ATGGGTGAGAAGCTGGCTGTTGATGCAGTTGCATCTGTGGTGCTCCAGAAACTAAGGGACCTGCTGGTGGATGAGTCATTTGCGAGCAACAAGATCATCGGACGCCGCCTCCAGCGGATGAAGGAGACCATCGAGAAAACGAGCTGGCGCTCAGACGAGGAACCAAAGGCTGAAGAAATCAAGAAATTGAGCCAAGAGTACCTTGGCCATCTCTACTCCATCGAGGACTCAATCGAGTCCTTCGCCCTTCGTTTCAACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997184
ATGGGTGAGAAGCTGGCTGTTGATGCAGTTGCATCTGTGGTGCTCCAGAAACTAAGGGACCTGCTGGTGGATGAGTCATTTGCGAGCAACAAGATCATCGGACGCCGCCTCCAGCGGATGAAGGAGACCATCGAGAAAACGAGCTGGCGCTCAGACGAGGAACCAAAGGCTGAAGAAATCAAGAAATTGAGCCAAGAGTACCTTGGCCATCTCTACTCCATCGAGGACTCAATCGAGTCCTTCGCCCTTCGTTTCAACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778453.1
MGEKLAVDAVASVVLQKLRDLLVDESFASNKIIGRRLQRMKETIEKTSWRSDEEPKAEEIKKLSQEYLGHLYSIEDSIESFALRFNRQRKKLGCLINHALFPKKFTALKMLDSKLYNIHTKVKKLNSRTSTTGSTSNRDRSLQQHNEQEDHQETSTDEETDAGSPSMWRNKSSPDVGNIHKRPTNLRRNNSCKVLSRSNASMMRERWEHSKLMYSYSYNKEELSIVGYQGKLQDLQFRLENPDHQIISIVGELGSGKTML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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