Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002563`

染色体: Chr08 坐标: 24972578-24979185 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002563`
名称	SmilChr08G002563
描述	chalcone isomerase-like protein 2
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	24972578 - 24979185 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997202`
GeneID	`130997202`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997202`
原始查询	`LOC130997202`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chalcone isomerase-like protein 2
产物	chalcone isomerase-like protein 2
Arabidopsis	`AT5G05270` (CHIL) Chalcone-flavanone isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830409] identity=68.1; qcov=0.972; evalue=3.75e-88; confidence=high
Rice	`Os11g0116300` - identity=64.8; qcov=0.986; evalue=1.48e-88; confidence=high
GO	GO:0016872 (intramolecular lyase activity)
KEGG	smil00941 (Flavonoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02431 (Chalcone)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778437.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778437.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778437.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778437.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778437.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778437.1

213 aa

106

213

Chalcone

PF02431 Chalcone 11-209 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778437.1`	Pfam	`PF02431`	Chalcone	Domain	11	209	5.5e-32	111.5	Chalcone-flavanone isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922454.1
TGTCTCCCCACACATTTATAAACATTACGCTTTTGCATTTGGTTTTTCAATTTCTCTCTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCACAAATCTTCTCTCAAACAACTCCTTGCAGTCGCAGAGATCACAGCTAGATGGGTAGTAATGAGGTGGAGGCTGTGATGGTGGATGAAGTTCCATTTCCTCCACAAATAACCATCACCAAGCCATTGTCCTTGCTGGCTCATGGAATTACGGACATAGAGATACATTTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997202
ATGGGTAGTAATGAGGTGGAGGCTGTGATGGTGGATGAAGTTCCATTTCCTCCACAAATAACCATCACCAAGCCATTGTCCTTGCTGGCTCATGGAATTACGGACATAGAGATACATTTCCTCCAGATTAAGTTCACAGCAATTGGAGTTTACTTGGACCCTCAGATTGGGACCCATCTCCAAAAATGGAAAGGCAAATCTCCCGCCGACTTAGCACAAGACGACGATCTCTTCGACGCCCTAATTTCTGCTCCGGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778437.1
MGSNEVEAVMVDEVPFPPQITITKPLSLLAHGITDIEIHFLQIKFTAIGVYLDPQIGTHLQKWKGKSPADLAQDDDLFDALISAPVEKLIRVVVIKEIKGSQYGVQLENSVRERLAEEDKYEEEEEAALEQVVHFFQSKYFNPHSTITFYFPTTAAPTVQIVFSTEGKEESKMEVNNANVAEMIQKWYLGGSRGLSPTTISSLATALSAELSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器