Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002576`

染色体: Chr08 坐标: 25090823-25096456 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002576`
名称	SmilChr08G002576
描述	uncharacterized SmilChr08G002576
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	25090823 - 25096456 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997212`
GeneID	`130997212`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997212`
原始查询	`LOC130997212`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0334800; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os03g0334800; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G61670` (AT1G61670) Lung seven transmembrane receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842464] identity=63.8; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0334800` - identity=70.2; qcov=0.881; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006810 (transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF06814 (GOST_TM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057778443.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.60000	`XP_057778443.1`
3	Endosome membrane	内体膜	0.20000	`XP_057778443.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778443.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778443.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:25091110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr8:25091826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr8:25091851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C87
`Chr8:25091893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,C49
`Chr8:25093253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B107,C46
`Chr8:25093385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C13,C39,C83
`Chr8:25093671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:25093980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr8:25094020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B107,C46
`Chr8:25096109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778443.1

538 aa

269

538

GOST_TM

PF06814 GOST_TM 234-479 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778443.1`	Pfam	`PF06814`	GOST_TM	Domain	234	479	3.6e-90	302.6	GOST, seven transmembrane domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922460.1
CAAAGTAAATCGGCATATTAGCATTTCACAATTATTTTTACACTAAAAAAAAGAAAGTTGAGGAAAATAACACTCTTGTGTTGTTGGTAGACACCAGAAATTTTGATGCTCTGAGATCTTCATCTTCTTCATCCATCCCCTCCAAATTCCTTCATTTCCCCCTTTTTGTGGTTATCATTTCTAAATATATCGCATTTAATTGTCCCATACCATTCCTATTTCAATTTTTATTTTCTTATAAAATCATCTATAAGAGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997212
ATGGTGTTAAGAAGAGGCACCCAGTGCGATTTATTGTTGGCCTATGGAAGGAATATACCAGTGATTTTTGTGCTGTTGCTGCTGATTTTCGTGAGAGAAAATGGAGTGAGAGCGTCGATCCACGAGTATAAGAATGAAGCTTTCATCCCTCGCTTCAACTCTTTCTTCTTTCACGGCGGCAGTGAAGGACTCTATGCTTCTAAGGTTCTCGATCCTCCCAAAAATACGCCCACTGATGATAATAATAAACCCCTCAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778443.1
MVLRRGTQCDLLLAYGRNIPVIFVLLLLIFVRENGVRASIHEYKNEAFIPRFNSFFFHGGSEGLYASKVLDPPKNTPTDDNNKPLNGKSFIRFESVTFRRPTEVAQKQNEYQQSTGVVEAIIVEVKDSDKIGRAYMNSNAICCNRTLAKEGVCKVGEVIIRNPPDNPEWPKRLQVAFEGVNEEAKMDFQTVEIDKTGMYYLYFVVCDPQLKGTLISGRTVWRNPEGYLPGKMAPMMTFYGFMSLAYLILGLLWFLRFVQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器