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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002586

染色体: Chr08 坐标: 25187684-25188417 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002586
名称SmilChr08G002586
描述uncharacterized SmilChr08G002586
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25187684 - 25188417 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997223
GeneID130997223
locus_tag-
NCBI NameLOC130997223
原始查询LOC130997223

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830404]; symbol=AT5G05220; hit=AT5G05220; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830404]; symbol=AT5G05220; hit=AT5G05220; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G05220 (AT5G05220)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830404]
identity=53.9; qcov=0.478; evalue=1.02e-17; confidence=low
RiceOs03g0334300
-
identity=73.3; qcov=0.221; evalue=1.14e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997223

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057778459.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057778459.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778459.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778459.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778459.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25188024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C16
Chr8:25188037 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A10,A7,B124,B24,B34,B45,B56,B60,B71,B89,C54,C59,C78,C85,D3
Chr8:25188101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr8:25188111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr8:25188196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B47,B55,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922476.1
CAAAAGTCAAGTCTCGCCCTATACGTCACGCATCAAAATCCGAATCGATCCTTTGAAACATGAAAGCAACGTGTTACCTACACCCTGGGGCCACGCGGCGCCAAACCACCCCACCCCAAATCCCATAGCTATAAATATCCAGACCTGGGGTTTCAATTTTGTAACTGAGCTAGGTCAAATTCATCACTTCCTATTTGCAGAAAAAAAAACAACCATGGAAGCTGCAATTTCTCAGTCCAGAATAACAGCGCATCAGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997223
ATGGAAGCTGCAATTTCTCAGTCCAGAATAACAGCGCATCAGTTTTGTGGCTTCTCGCCCAAAATTGGGGCGGTTGGCCCTAGTGTTTTGTCGTTCCCGGTTCGGATCAATGATTCCCTGAATGGACAAGTTCTGAAATGCGCGAAGGCGGATTCAGCTCCTGCGTGGTCGGAATTGGTGCTGGAGAACGAAGAGGAGGAATTGAGGAAATTGAACGGAAAATGCGGAGGGATTGGCGGGATAGTGGAATTGATGGAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778459.1
MEAAISQSRITAHQFCGFSPKIGAVGPSVLSFPVRINDSLNGQVLKCAKADSAPAWSELVLENEEEELRKLNGKCGGIGGIVELMECLEREAIMGEDEGREPTDYNRRALIFDRSSRVFQALKQHTTPPPPPLVFD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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