Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002630

染色体: Chr08 坐标: 25686907-25687635 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002630
名称SmilChr08G002630
描述putative glycine-rich cell wall structural protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25686907 - 25687635 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997269
GeneID130997269
locus_tag-
NCBI NameLOC130997269
原始查询LOC130997269

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative glycine-rich cell wall structural protein 1
产物putative glycine-rich cell wall structural protein 1
ArabidopsisAT5G61660 (AT5G61660)
glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836288]
identity=68.6; qcov=0.224; evalue=4.56e-08; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057778518.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778518.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778518.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778518.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778518.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25687056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:25687079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:25687089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B90,B92
Chr8:25687091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr8:25687260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B90,B92,C77
Chr8:25687284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C41,C87
Chr8:25687359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C41,C87
Chr8:25687428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922535.1
CCTCAATCAATTGCCTAACCCCATCAGTCATAAACTCTAATTATAATATCATCAAAACTACTAGCAAAAATGCGTACAATAATTCTTCATGTCACAGTAATTCTACTTCTCTTAGCTTCCTTCAACTGTTGGGCGCATAGGTTTGGTGGCCAAGGAGGCGGGCGGAAGACGACGATGGGCTCGTCGGAGGCGTCGTCCGCACCTACCGGCACGTCGGAGACTCCCACCGGAGGCAGCGGTGCTGCCCACGGCCCGGGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997269
ATGCGTACAATAATTCTTCATGTCACAGTAATTCTACTTCTCTTAGCTTCCTTCAACTGTTGGGCGCATAGGTTTGGTGGCCAAGGAGGCGGGCGGAAGACGACGATGGGCTCGTCGGAGGCGTCGTCCGCACCTACCGGCACGTCGGAGACTCCCACCGGAGGCAGCGGTGCTGCCCACGGCCCGGGTTGGGACTATGGTTGGGGGTGGGGCGCCACCCCCACATCCGGGTGGGGATACGGATCGGGCTCGGGTAGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778518.1
MRTIILHVTVILLLLASFNCWAHRFGGQGGGRKTTMGSSEASSAPTGTSETPTGGSGAAHGPGWDYGWGWGATPTSGWGYGSGSGRSPNGFARGSGYGFGSGSGSGSGYGYGYGSGGARGGGHGSGSGAGGNGGGSGSGSGEGHLPSTAGGINKHG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器